PACKMOL构建体系时，如何控制某种分子之间的距离，但不影响其与其他分子的间距

jimulation

我想要在10nm*10nm*10nm的盒子中放置5个溶质分子（较大的分子），并控制互相之间的距离不小于1nm，盒子剩余空间填充甲苯。如果采用radius 10来设置溶质分子，那么进一步填充甲苯的时候也会受到影响（溶质分子周围1nm内没有甲苯）。我还试过restart_to、restart_from指令（如下），但还是不行。请教大家，这个有方法解决吗？

1.inp
=============
tolerance 2.0
filetype pdb
output 1.pdb

structure fer.pdb
  number 5
  radius 10
  inside box        0        0        0        100        100        100   
  restart_to 1.pack
end structure
=============




2.inp
=============
tolerance 2.0
filetype pdb
output 2.pdb

structure fer.pdb
  number 5
  inside box        0        0        0        100        100        100   
  restart_from 1.pack
end structure

structure ben.pdb
  number 1000
  inside box        0        0        0        100        100        100   
end structure
=============

sobereva

先用大半径把5个溶质分子塞进入，然后把当前结构当做一个单独的分子，在第二轮做packmol的时候将之固定在特定位置，这样第二轮插入其它分子的时候不会影响之前五个溶质分子的位置

jimulation

sobereva 发表于 2020-6-3 10:19
先用大半径把5个溶质分子塞进入，然后把当前结构当做一个单独的分子，在第二轮做packmol的时候将之固定在特 ...

明白了，谢谢Sob老师！我试试

xxzj

sobereva 发表于 2020-6-3 10:19
先用大半径把5个溶质分子塞进入，然后把当前结构当做一个单独的分子，在第二轮做packmol的时候将之固定在特 ...

老师，下图是用packmol搭建的盒子，红蓝代表两种分子，想让其均匀混合，但是通过尝试不同的盒子大小，一直出现下面的情况，每种分子都单独聚集在一起，所以在进行动力学模拟时，对于npt会出现大量真空，所以想请问老师如何搭建分子让盒子里面的分子混合均匀一些？

sobereva

xxzj 发表于 2021-10-6 21:16
老师，下图是用packmol搭建的盒子，红蓝代表两种分子，想让其均匀混合，但是通过尝试不同的盒子大小，一 ...

跟盒子没什么关系，可能是模拟设置的事。正常情况下，MD期间真空区会自发消除，而且两种分子会自发扩散，最后混合均匀。如果MD一直保持当前样子，也许是温度不够高等原因所致。