求助gromacs中的top文件生成问题

小蜗 · 发表于 Post on 2020-6-19 16:38:17

各位老师好，计算纯小白，最近在自学gromacs，好不容易把pdb转化为了gro文件，现在卡在了top文件上，不知道视频里的top文件是咋个生成的，为啥人家输$ gmx pdb2gmx -f *.pdb -o *.gro -water spce 就出现了选择力场，我输就是 command not found。我是要自己建一个top文件吗？比如我想用CVFF力场，我该去哪找top文件呢？求各位大佬帮忙捞一把，或者有没有什么比较详细的教程文件分享一下。谢谢谢谢了~！

jimulation · 发表于 Post on 2020-6-19 16:41:55

-f 后面的gro，是“.”不是“,”

小蜗 · 发表于 Post on 2020-6-19 16:48:03

jimulation 发表于 2020-6-19 16:41
-f 后面的gro，是“.”不是“,”

是的是的敲错了但是还是 command not found 也不知道问题出在哪里

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-19 18:03:31

明明是gmx editconf，你输入editconf当然不行。倘若你看的那个视频就是输入的editconf，说明视频对应的gmx版本太老，根本不适用于当前版本

输入gmx pdb2gmx启动不了说明你根本没装好，仔细看下文里的说明
GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速）
http://sobereva.com/458（http://bbs.keinsci.com/thread-11848-1-1.html）
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html）

gmx里没法简单地用CVFF力场。用这个的大多都是M$或lammps等做材料类的用户

你输入的genbox都是猴年马月gmx程序的命令，别看老教程。

预计下下个月北京科音举办第7届北京科音分子动力学与GROMACS培训班，是最佳的一次性学透彻GROMACS的方式，比自己看网上杂七杂八的东西强得多，培训内容见http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html。上过之后会感觉之前的自学基本都是无用功。

corei70715 · 发表于 Post on 2020-6-19 18:15:36

熟悉的缩写P3HT，这个之前记得有文献发表过他们的top

小蜗 · 发表于 Post on 2020-6-19 20:06:32

sobereva 发表于 2020-6-19 18:03
明明是gmx editconf，你输入editconf当然不行。倘若你看的那个视频就是输入的editconf，说明视频对应的gmx ...

谢谢sob老师的耐心解答~我会再找找资料的培训班我也一定会密切关注。

小蜗 · 发表于 Post on 2020-6-19 20:07:33

corei70715 发表于 2020-6-19 18:15
熟悉的缩写P3HT，这个之前记得有文献发表过他们的top

这个top文件是自己生成的还是要自己编写哇

小蜗 · 发表于 Post on 2020-6-19 20:09:23

sobereva 发表于 2020-6-19 18:03
明明是gmx editconf，你输入editconf当然不行。倘若你看的那个视频就是输入的editconf，说明视频对应的gmx ...

但是这个gromacs是在我们学校计算机群里的所以应该不会出现安装问题 gromacs教程视频太少了可能我找的都比较旧

corei70715 · 发表于 Post on 2020-6-19 21:38:33

小蜗发表于 2020-6-19 20:09
但是这个gromacs是在我们学校计算机群里的所以应该不会出现安装问题 gromacs教程视频太少了可能我找的 ...

看看这个：
R. Alessandri, J. J. Uusitalo, A. H. de Vries, R. W. A. Havenith, S. J. Marrink, "Bulk Heterojunction Morphologies with Atomistic Resolution from Coarse-Grain Solvent Evaporation Simulations",
J. Am. Chem. Soc., 2017, 139, 3697 [DOI: 10.1021/jacs.6b11717]

PS，看起来好像是未名。。

小蜗 · 发表于 Post on 2020-6-19 22:22:59

sobereva 发表于 2020-6-19 18:03
明明是gmx editconf，你输入editconf当然不行。倘若你看的那个视频就是输入的editconf，说明视频对应的gmx ...

老师我有看到有一篇：用分子动力学方法模拟高压电场对碳酸钙结晶过程的影响的文章是用了编制的BTCL程序在MS里可以施加垂直晶面的电场但是我不了解这个BTCL是个啥想问问老师

小蜗 · 发表于 Post on 2020-6-19 22:23:23

corei70715 发表于 2020-6-19 21:38
看看这个：
R. Alessandri, J. J. Uusitalo, A. H. de Vries, R. W. A. Havenith, S. J. Marrink, "Bulk ...

感谢感谢哇我研究研究~

jiangyan · 发表于 Post on 2024-5-24 10:16:12

请问你的问题解决了吗，我看了sob老师的帖子，目前只会用sobtop生成单个分子的top文件，但是我的体系是油水两相体系，不知道如何构建整个模型的top文件呢

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