如何计算分子间距离及重心

qianbao · 发表于 Post on 2020-6-26 19:50:35

老师好，
1、想计算一个优化好的复合物的分子间距离，应按照哪一个帖子进行计算呢？2、计算一个化合物的重心，应使用Multiwfn哪个版块呢？
谢谢老师！

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-6-26 20:33:21

首先你得定义什么叫分子间距离

abin · 发表于 Post on 2020-6-26 21:09:13

分子坐标都有，
剩下的就是解析几何的问题，
还有啥好问的。

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-27 00:12:06

1 没具体定义没法回复。比如质心距离、几何中心距离、最近原子间接触距离等等

2 Multiwfn主功能100的子功能21，输入片段里原子的序号范围，就会告诉你这个片段的几何中心和质心

qianbao · 发表于 Post on 2020-6-27 13:00:49

sobereva 发表于 2020-6-27 00:12
1 没具体定义没法回复。比如质心距离、几何中心距离、最近原子间接触距离等等

2 Multiwfn主功能100的子 ...

谢谢老师，我是想咨询最近原子间接触距离
最初搭建时，我是使受体的最底层切面与给体中心的距离为 3.5 Å
优化完，这个距离就发生变化了，所以我想测一下优化完这两个之间的实际距离

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-27 19:15:13

qianbao 发表于 2020-6-27 13:00
谢谢老师，我是想咨询最近原子间接触距离
最初搭建时，我是使受体的最底层切面与给体中心的距离为 3. ...

我刚更新了Multiwfn官网上的windows版，在主功能100的子功能21里，输入dist，然后输入两个片段的序号范围，就会给出最小距离、最大距离、几何中心距离、质心距离，如下所示：

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