计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9749|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 蛋白质rmsd分析问题求助

[复制链接 Copy URL]

107

帖子

0

威望

467

eV
积分
574

Level 4 (黑子)

老师您好,我在分析蛋白质rmsd的时候,因为体系其他分子的数目是在变化的,所以我是把蛋白质的xtc单独提取出来分析,做rmsd分析的时候,发现选择backbone和protein出来的曲线趋势是一样的,但是起始值不一样,造成protein的组整体偏高一些,请问老师,哪个结果更准确一点呢?谢谢老师

99b0e51bd14e37d17340607539ed9d2.png (67.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

99b0e51bd14e37d17340607539ed9d2.png

c92b4f28be11440262224ad0251d93c.png (73.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

c92b4f28be11440262224ad0251d93c.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2020-6-28 19:32:06 | 只看该作者 Only view this author
没有什么哪个更准的说法,完全在于你想得到什么。
只统计backbone的情况相对多一些,这样不会令侧链的构象变化影响对蛋白质骨架特征变化的判断。由于侧链柔性普遍比骨架原子要高,因此统计protein的RMSD整体高于backbone的。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

107

帖子

0

威望

467

eV
积分
574

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-28 21:59:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-28 19:32
没有什么哪个更准的说法,完全在于你想得到什么。
只统计backbone的情况相对多一些,这样不会令侧链的构象 ...

感谢老师

35

帖子

0

威望

633

eV
积分
668

Level 4 (黑子)

4#
发表于 Post on 2020-6-29 22:28:16 | 只看该作者 Only view this author
您好,我想请问您RMSD这个图是怎么做的,我刚刚用charmm跑完动力学,文件超级多,不知道该如何下手。请问您的图是怎么做出来的?

107

帖子

0

威望

467

eV
积分
574

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-3 09:34:08 | 只看该作者 Only view this author
邓苏微 发表于 2020-6-29 22:28
您好,我想请问您RMSD这个图是怎么做的,我刚刚用charmm跑完动力学,文件超级多,不知道该如何下手。请问您 ...

把xvg文件用xmgrace打开就可以

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 05:31 , Processed in 0.170359 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list