求助gromacs伞形采样数据缺失

zhangzh · 发表于 Post on 2020-7-11 00:17:05

本帖最后由 zhangzh 于 2020-7-11 00:21 编辑

我在伞形采样过程中，用pull命令生成了一条轨迹，然后抽出了前110帧的结构：

复制代码

然后每5帧为一个窗口，对22个窗口进行100ps的npt平衡和300ps的md平衡。将平衡之后得到的pullx.xvg和tpr文件放到wham中分析：

复制代码

最后得到的直方图和PMF曲线均有数据缺失，提示无法读取某些位置的数据。可是我检查了xvg文件中均是有数据的，请问是哪一步出错了呢？应该如何解决
附件中是错误的直方图，PMF曲线，输入文件和报错信息

error.txt (12.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

ummd.mdp (1.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

tpr-files.dat (331 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 29)

pullx-files.dat (463 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 23)

pull.mdp (1.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

npt_um.mdp (1.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

zhangzh · 发表于 Post on 2020-7-15 01:18:53

补充一下问题，我的模拟的时间，步长等参考环糊精体系又试了一遍，npt和md过程正常输出了数据，可是还是出现了同样的问题，为什么会有一段根本没有数据呢

wyb · 发表于 Post on 2020-7-15 09:32:31

把所有输出数据在一起做出histgram图，然后看你的数据是否有问题

zhangzh · 发表于 Post on 2020-7-17 00:39:16

wyb 发表于 2020-7-15 09:32
把所有输出数据在一起做出histgram图，然后看你的数据是否有问题

这个就是所有的输出一起做的

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-7-17 08:03:54

你的窗口选取就有问题，不是10 15 20 25这样选的，一般是等距离选取的，比如0.2 nm

wyb · 发表于 Post on 2020-7-17 08:39:00

看看那几个windows的轨迹，是否配体在指定的位置，看你的输出文件，应该跑掉了，如果是跑掉了，考虑增大constraints以确保在该位置。

yuanen · 发表于 Post on 2022-3-21 20:54:46

wyb 发表于 2020-7-17 08:39
看看那几个windows的轨迹，是否配体在指定的位置，看你的输出文件，应该跑掉了，如果是跑掉了，考虑增大con ...

我想请问，增大constraints是在楼主的npt_um.mdp和ummd.mdp中的pull_cood1_k这个参数吗？这个参数与pull.mdp要保持一致吗？我最近在学这方面的，还请劳烦指点

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-3-22 02:02:11

zhangzh 发表于 2020-7-17 00:39
这个就是所有的输出一起做的

在xmgrace界面里，data->import->选择直方图xvg->读取格式改成Nxy，这样应该可以看到很多条线，直接用xmgrace打开只能看到一条线。

thor · 发表于 Post on 2023-2-27 10:38:36

你这个问题最终解决了吗

熊小熊 · 发表于 Post on 2023-4-16 18:37:46

yuanen 发表于 2022-3-21 20:54
我想请问，增大constraints是在楼主的npt_um.mdp和ummd.mdp中的pull_cood1_k这个参数吗？这个参数与pull. ...

您的这个问题解决了吗？

yuanen · 发表于 Post on 2023-4-23 16:00:40

熊小熊发表于 2023-4-16 18:37
您的这个问题解决了吗？

可以通过增加pull_cood1_k的大小使运动组保持在你的采样窗口范围内，但是需要增加采样窗口以保证数据点的连续

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