求助：原子类型是否可查各名字代表什么含义

DoubeeTwT

实际问题：
体系中有一个较大的柔性底物再求TS时长链一直在摆动干扰收敛，想把部分底物放入低层，但是原子类型一直不对无法进行
可能是应为这个不是标准氨基酸，键角的库里没有这样的结构：

         HC             HC
          |                |
R1 --- CT --- C --- CT --- R2
          |       ||       |
         HC      O      HC

Angle bend  undefined between atoms    129    131    133 CT-C-CT [L,L,L]
只报这一个错误，但是我无论改 O/CT/C 都会导致错误增加



需要的理论知识：
当使用Gaussian做OINIM时，底层选用AMBER高斯常常会给出错误得原子类型导致提交任务时常常报错。

N-N--0.415700(PDBName=N,ResName=THR,ResNum=71)      -1   34.54000000   34.69800000   37.24100000 L
C-CT--0.038900(PDBName=CA,ResName=THR,ResNum=71)   -1   34.86000000   35.46000000   36.03200000 L
C-C-0.597300(PDBName=C,ResName=THR,ResNum=71)        -1   33.73000000   36.34600000   35.67600000 L
O-O--0.567900(PDBName=O,ResName=THR,ResNum=71)      -1   32.65700000   35.85800000   35.43500000 L
C-CT-0.365400(PDBName=CB,ResName=THR,ResNum=71)      0   35.41500000   34.57200000   34.82200000 L
C-CT--0.243800(PDBName=CG2,ResName=THR,ResNum=71)   0   36.96000000   34.53100000   34.72200000 L
O-OH--0.676100(PDBName=OG1,ResName=THR,ResNum=71)  0   34.76000000   33.29700000   34.94600000 L
H-H-0.271900(PDBName=H,ResName=THR,ResNum=71)        -1   34.21200000   33.75700000   37.08500000 L
H-H1-0.100700(PDBName=HA,ResName=THR,ResNum=71)    -1   35.66300000   36.15100000   36.29700000 L
H-H1-0.004300(PDBName=HB,ResName=THR,ResNum=71)      0   35.01100000   35.04900000   33.92700000 L
H-HO-0.410200(PDBName=HG1,ResName=THR,ResNum=71)    0   34.89800000   32.68700000   34.19900000 L
H-HC-0.064200(PDBName=HG21,ResName=THR,ResNum=71)   0   37.37200000   35.46300000   34.32900000 L
H-HC-0.064200(PDBName=HG22,ResName=THR,ResNum=71)   0   37.38600000   34.36200000   35.71300000 L
H-HC-0.064200(PDBName=HG23,ResName=THR,ResNum=71)   0   37.23800000   33.78500000   33.97500000 L


比如C就有C,CT,CA | H就有H,HW,HO,HC,H1,H4
我想知道这些名字是根据什么规则命名的应该去哪里查呢？

sobereva

看力场原文，比如AMBER94的原文J. Am. Chem. SOC., 117, 5179 (1995)

DoubeeTwT

sobereva 发表于 2020-7-12 12:28
看力场原文，比如AMBER94的原文J. Am. Chem. SOC., 117, 5179 (1995)

我查看了原子文中的表一，重新写了问题
原子类型已经按照amber的要求写了，为什么还有一个报错？
谢谢老师的解答

sobereva

DoubeeTwT 发表于 2020-7-12 12:42
我查看了原子文中的表一，重新写了问题
原子类型已经按照amber的要求写了，为什么还有一个报错？
谢谢 ...

Amber力场里本身没定义那种键角类型，或者虽然有但是Gaussian里没有内置。让Gaussian读取自己补充的即可