构建Gromacs的top文件出错

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-14 23:55:21

本帖最后由风飞于 2020-7-15 08:59 编辑

老师，您好
      1. 我首先从ATB下载了C7H8的itp文件和pdb文件
      2. 生成gro文件：gmx editconf -f T.pdb -o T.gro
      3.构建盒子：gmx editconf -f T.gro -o T_box.gro -d 1.0 -bt cubic
      4. 添加溶剂：gmx solvate -cp T_box.gro -o T_SOL.gro -p topol.top
      在这一步开始报错，说找不到topol.top文件

于是我自己建了一个空白的topol.top 文件，再执行命令：gmx solvate -cp T_box.gro -o T_SOL.gro -p topol.top
得到的popol.top文件如下：

于是我对该top文件进行如下修改

然后输入命令：gmx grompp -f em.mdp -c T_SOL.gro -p topol.top-o em.tpr
得到的错误提示

请问我的top文件怎么修改呢？
我下载的itp文件如下：

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-15 08:31:46

上传T.itp。以后提问的时候把文件作为附件上传，不要贴内容

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-15 09:00:21

sobereva 发表于 2020-7-15 08:31
上传T.itp。以后提问的时候把文件作为附件上传，不要贴内容

已修改，下次我会注意的，谢谢老师，

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-16 08:07:00

怀疑你自己编辑过spce.itp或力场目录下的文件内容，否则不至于提示字段顺序问题

风飞 · 发表于 Post on 2020-7-16 22:48:52

sobereva 发表于 2020-7-16 08:07
怀疑你自己编辑过spce.itp或力场目录下的文件内容，否则不至于提示字段顺序问题

老师，我这个里面的错误已经解决了，我这里主要犯了三个错误
第一是：我是从ATB中下载的toluene.itp 文件，该itp属于gromos54a7 力场，而我top文件写的是gromos53a6.ff
第二是：在Toluene.itp7 文件中，甲苯的名称是_I0L ，而我写的是TOL
第三是：Gromacs自带的gromos54a7 不能用于新的.itp文件，所以需要重新下载ATB网站上的gromos54a7力场包

随风 · 发表于 Post on 2020-10-16 13:40:30

您好想请问一下，您如何应用力场安装包的？

风飞 · 发表于 Post on 2020-10-16 15:50:54

随风发表于 2020-10-16 13:40
您好想请问一下，您如何应用力场安装包的？

这个54a7，我下载下来，解压就好了，没有安装
因为在top文件中会指定力场文件的位置

随风 · 发表于 Post on 2020-10-19 16:24:19

谢谢了，我也是直接把文件传上去就好了。

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