CO2的EPM2模型参数如何加到itp文件中？

五支折断的箭 · 发表于 Post on 2020-7-29 22:32:10

各位前辈好，我打算使用GROMOS54A7力场进行两相体系（CO2/水，蛋白在水相中）的模拟，我看到的参考文献中使用的CO2的模型为EPM2,所以想向前辈请教一下如何将EPM2模型的参数加到itp文件中？itp文件我是从ATB中下载的。
感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-29 23:30:19

以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp

CO2.itp (773 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 375)

五支折断的箭 · 发表于 Post on 2020-7-30 09:01:25

sobereva 发表于 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp

好的，感谢老师

haoxil · 发表于 Post on 2020-10-29 10:05:46

五支折断的箭发表于 2020-7-30 09:01
好的，感谢老师

你好,请问能把参考文献的 DOI告诉我么,谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-1 13:36:15

haoxil 发表于 2020-10-29 10:05
你好,请问能把参考文献的 DOI告诉我么,谢谢

你拿Google学术搜索去搜截图里的原话就能找到原文

dimog · 发表于 Post on 2020-11-30 12:45:29

sobereva 发表于 2020-11-1 13:36
你拿Google学术搜索去搜截图里的原话就能找到原文

请问epm2模型如何得到oplsaa力场中的二氧化碳itp呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-30 12:51:58

dimog 发表于 2020-11-30 12:45
请问epm2模型如何得到oplsaa力场中的二氧化碳itp呢？

语义不明
EPM2本身自身就定义了范德华参数，和OPLS-AA没直接关系

dimog · 发表于 Post on 2020-11-30 13:02:36

sobereva 发表于 2020-11-30 12:51
语义不明
EPM2本身自身就定义了范德华参数，和OPLS-AA没直接关系

抱歉，没说清楚问题。gmx初学者，想在oplsaa力场下模拟CO2在某溶液中的扩散系数，起初尝试用网站生成oplsaa下的CO2.itp文件，但是发现无法得到C的原子类型。查阅文献发现大多用EPM2模型来描述CO2，文献里有CO2相关的一下参数，如楼上同学所展示的，但是不知道如何把这些参数整合到CO2的itp文件中（在oplsaa力场下）

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-1 16:29:06

dimog 发表于 2020-11-30 13:02
抱歉，没说清楚问题。gmx初学者，想在oplsaa力场下模拟CO2在某溶液中的扩散系数，起初尝试用网站生成opls ...

把我的itp文件恰当include到主top文件

xjp1127721434 · 发表于 Post on 2021-4-10 20:40:34

本帖最后由 xjp1127721434 于 2021-4-10 23:11 编辑

sobereva 发表于 2020-12-1 16:29
把我的itp文件恰当include到主top文件

请教一下sob老师，我也在做opls-aa力场下模拟co2。用orca优化完CO2分子后，将产生的fake.out文件在ms中打开，然后导出为pdb格式，用packmol生成CO2体系的盒子。然后这样写的top文件和mdp文件，运行的时候会出现图3的问题，但最后能量最小化也成功了，请问老师这样会对模拟结果有影响嘛？我量了一下优化后的CO2分子，C-O键长为1.16埃，这个键长会自动调整到itp文件里限制的0.1149nm嘛。另外还想请教一下sob老师，计算超临界CO2的时候，eq.mdp文件这样设置可以嘛，计算出来密度只有300多kg/m3，但文献里面是800多，这种情况只能慢慢调参数嘛，改一改控温控压方法、步长等。

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-12 09:12:12

跑MD的时候出现这么多LINCS warning显然不行

M$根本不可能打开ORCA的输出文件

事先做CO2分子的优化都没必要。如果开了约束，MD跑起来后键长自动保持为平衡键长了

跑超临界CO2应当用NVT，而不是NPT。想模拟什么密度的情况，在特定大小的盒子里就用packmol塞多少分子

xjp1127721434 · 发表于 Post on 2021-4-13 16:13:37

sobereva 发表于 2021-4-12 09:12
跑MD的时候出现这么多LINCS warning显然不行

M$根本不可能打开ORCA的输出文件

好的，谢谢sob老师。那如果想考察不同压力下，超临界CO2对沥青质分子作用的话，也是根据实验下的密度做NVT就好了嘛？

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-14 07:15:13

xjp1127721434 发表于 2021-4-13 16:13
好的，谢谢sob老师。那如果想考察不同压力下，超临界CO2对沥青质分子作用的话，也是根据实验下的密度做NV ...

是

xjp1127721434 · 发表于 Post on 2021-4-14 14:56:09

sobereva 发表于 2021-4-14 07:15
是

好嘞，谢谢sob老师

narroto · 发表于 Post on 2021-6-23 16:21:22

sobereva 发表于 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp

老师有没有基于oplss-aa的臭氧O3的itp，学生刚入门，困扰好长时间了

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[GROMACS] CO2的EPM2模型参数如何加到itp文件中？