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[Multiwfn使用咨询] 求助:关于Multiwfn用于分子间轨道重叠积分两种算法数值不同

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各位老师好,根据http://sobereva.com/163 和Multiwfn 计算手册4.100.15计算轨道重叠积分:dimer文件关键词:cam-b3lyp/6-31+g(d,p) nosymm guess=(only,save) pop=none , 提取的单体计算:cam-b3lyp/6-31+g(d,p) nosymm通过计算得到一个dimer和两个单体的fchk文件:

用方法1 根据4.100.15中:
dim_1.fchk // Wavefunction file of dimer
100 // Other functions (Part 1)
15 // Function for calculating intermolecular orbital overlap integral
mon_1.fchk // Wavefunction file of monomer 1
mon_2.fchk // Wavefunction file of monomer 2
356,356//
得到Overlap integral is -311.26395436。

方法2:
启动Multiwfn,依次输入
mon_1.fchk
5   //计算格点数据
0   //自定义运算
1   //将对1个文件,也就是DB-TTF2.fch进行运算
*,mon_2.fchk   //DB-TTF1的格点数据将对DB-TTF2相应的格点数据进行相乘
4   //要计算的是轨道波函数
356   //要算的是第356号轨道,也就是HOMO
8   //使用某个cube文件中的格点设定。
userfunc.cub  //之前计算出的userfunc.cub的格点设定较好地涵盖了二聚体所在空间范围,所以用它的设定。
得到结果如下:
Summing up all value and multiply differential element:
-1.466349820168188E-002
Summing up positive value and multiply differential element:
  0.142776970217728
Summing up negative value and multiply differential element:
-0.157440468419410


两个得到的结果完全不同,第二个结果更合理,但是理论上两种方法结果应该是一样的。 请问是我哪一步操作有问题吗。

fchk文件在百度网盘里面:链接:https://pan.baidu.com/s/1MNH2Hp0YD-eF2gmW3c9LtA  提取码:n8xh

谢谢



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发表于 Post on 2020-8-9 06:55:51 | 只看该作者 Only view this author
第二个是正确的,第一个是明显错误的。问题应当在与你的mon_1.fchk + mon_2.fchk的原子顺序和dim_1.fchk的不同所致,如果弄成相同的应该就行了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-13 17:38:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-9 06:55
第二个是正确的,第一个是明显错误的。问题应当在与你的mon_1.fchk + mon_2.fchk的原子顺序和dim_1.fchk的 ...

非常感谢,是这个原因,谢谢老师

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发表于 Post on 2020-9-20 16:14:20 | 只看该作者 Only view this author
您好,请问可以提供与分子间轨道重叠积分相关的文献吗?

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发表于 Post on 2020-9-28 13:33:01 | 只看该作者 Only view this author
吕安琪 发表于 2020-9-20 16:14
您好,请问可以提供与分子间轨道重叠积分相关的文献吗?

算一个很简单的积分而已,这没什么文献
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发表于 Post on 2021-7-22 09:38:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xxzj 于 2021-7-22 10:00 编辑
sobereva 发表于 2020-8-9 06:55
第二个是正确的,第一个是明显错误的。问题应当在与你的mon_1.fchk + mon_2.fchk的原子顺序和dim_1.fchk的 ...

老师,我看见帖子中计算分子间轨道重叠积分时绘制的是二聚体间HOMO与HOMO轨道重叠或者LUMO与LUMO轨道重叠图,想请教老师如何呈现二聚体中一个分子的HOMO轨道与另一个分子LUMO轨道间的重叠图?辛苦啦

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发表于 Post on 2021-7-23 03:25:08 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-7-22 09:38
老师,我看见帖子中计算分子间轨道重叠积分时绘制的是二聚体间HOMO与HOMO轨道重叠或者LUMO与LUMO轨道重叠 ...

用Multiwfn的子功能5计算这两个轨道的波函数的cube文件,都在VMD里显示成等值面即可
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发表于 Post on 2021-7-23 08:39:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-23 03:25
用Multiwfn的子功能5计算这两个轨道的波函数的cube文件,都在VMD里显示成等值面即可

知道了,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-7-23 16:04:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xxzj 于 2021-7-23 16:14 编辑
sobereva 发表于 2021-7-23 03:25
用Multiwfn的子功能5计算这两个轨道的波函数的cube文件,都在VMD里显示成等值面即可

老师,我研究的二聚体由两个不同的分子片段构成,然后想绘制轨道重叠图和计算重叠积分值,主要是分子1 的53轨道和分子2的69轨道之间,然后安装帖子中教程 “现在Multiwfn开始计算DB-TTF1的LUMO格点数据。然后程序让你输入对于DB-TTF2来说计算哪个MO。因为对于它还是计算LUMO,所以还是输入79。然后Multiwfn又开始了计算。算完之后选择2将格点数据输出到当前目录下的MOvalue.cub。”计算。现在遇见的问题是采用图片中两种形式,最终得到的重叠积分值相差较多,二聚体中分子顺序和单体是一致的,想请问老师是哪里出现了问题:                                    

202107231605436877..png (26.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 35)

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发表于 Post on 2021-7-23 23:40:27 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-7-23 16:04
老师,我研究的二聚体由两个不同的分子片段构成,然后想绘制轨道重叠图和计算重叠积分值,主要是分子1 的 ...

没你的输入文件、输入的所有命令没法判断原因,也不知道两种方式的结果数值各是多少。

反正第一种没第二种精确,前者相当于数值积分,后者相当于解析积分,若无特殊情况不要用第一种。而且前者结果受格点数据范围和格点间距影响,不恰当设置的话结果不准确
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发表于 Post on 2021-7-24 10:01:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xxzj 于 2021-7-24 10:33 编辑
sobereva 发表于 2021-7-23 23:40
没你的输入文件、输入的所有命令没法判断原因,也不知道两种方式的结果数值各是多少。

反正第一种没第 ...

谢谢老师,我上传了相关的输入和以及两种方式得到的结果,输出文件显示过大,所以无法上传,二聚体中顺序是先D后A,然后计算的是HOMO轨道之间的重叠,分别是D的369轨道和A的289轨道,发现结果数值不同,符号还相反。然后如果第一种方法计算的数值不准确,那可以用第一种方法得到的轨道重叠的图和第二 中方法得到的具体数值一起应用吗?



A.gjf

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dimer.gjf

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D.gjf

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发表于 Post on 2021-7-25 00:20:26 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-7-24 10:01
谢谢老师,我上传了相关的输入和以及两种方式得到的结果,输出文件显示过大,所以无法上传,二聚体中顺序 ...

A.gjf里的坐标和二聚体的坐标明显不对应,结果无意义
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