过渡态搜寻，走的IRC两端连着反应物和生成物但是感觉振动方向有问题

X2y0x1y4x · 发表于 Post on 2020-8-11 12:39:58

上面的一个反应属于未加催化剂总的反应，我现在想算反应机理，总反应可以理解为下面的两个反应。我目前用QST2方法算的第一个反应的过渡态，但是过渡态的out文件感觉振动方向不太对，但是走的IRC的两端又很完美对接反应物和生成物；麻烦各位帮忙看看这个过渡态结构对不。本人也才接触高斯半个月，有很多小细节不是太懂，多谢各位指教。我把反应方程式、结构计算的输入文件以及频率计算的输出文件还有IRC输出文件已经上传，多谢指教。

X2y0x1y4x · 发表于 Post on 2020-8-11 12:41:31

有没有可能过渡态寻找错误但是IRC走势正确呀？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-8-11 14:40:19

本帖最后由 liyuanhe211 于 2020-8-11 14:41 编辑

网盘传IRC结果。这过渡态对应的活化能不低吧

X2y0x1y4x · 发表于 Post on 2020-8-11 16:23:12

liyuanhe211 发表于 2020-8-11 14:40
网盘传IRC结果。这过渡态对应的活化能不低吧

但是都是自己算的，有什么问题吗？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-8-11 17:44:39

本帖最后由喵星大佬于 2020-8-11 17:46 编辑

仔细看一下你的反应，你为什么执着于去找分子内的过渡态呢。。。。这个明显分子间的过渡态更合适，含有H的4元环不太靠谱

lzh2181439 · 发表于 Post on 2020-8-11 18:07:45

感觉和楼主很相似，楼主可以参考一下。做的是磺化反应，硫酸分子和苯环反应，硫酸上的羟基（-OH）脱离，和苯环上的H原子结合生成水分子H2O，硫酸的剩余部分磺基（-HSO3）在H原子脱离处与苯环结合。过渡态和反应物的优化结果相差0.13Hartree。磺化过渡态中硫酸S原子的振动比较微弱，没有像楼主过渡态中DMC的C那么明显。过渡态和IRC结果均已上传。

自己也是小白，对着过渡态看久了，觉得也没什么毛病，是否A+B﹣﹥C+D这种反应的过渡态振动都比较这么古怪呢？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-8-11 18:20:43

lzh2181439 发表于 2020-8-11 18:07
感觉和楼主很相似，楼主可以参考一下。做的是磺化反应，硫酸分子和苯环反应，硫酸上的羟基（-OH）脱离，和 ...

磺化一般用发烟硫酸，反应物应该是三氧化硫吧

lzh2181439 · 发表于 Post on 2020-8-11 18:49:02

因为是在工业环境下探究酸对材料的影响，所以不要求太高的反应速率，只是讨论反应的可能性，后面的话SO3也是要做的。

X2y0x1y4x · 发表于 Post on 2020-8-11 18:49:20

喵星大佬发表于 2020-8-11 17:44
仔细看一下你的反应，你为什么执着于去找分子内的过渡态呢。。。。这个明显分子间的过渡态更合适，含有H的4 ...

分子间的过渡态？？？可以具体举例说明的吗？

X2y0x1y4x · 发表于 Post on 2020-8-11 18:50:40

lzh2181439 发表于 2020-8-11 18:07
感觉和楼主很相似，楼主可以参考一下。做的是磺化反应，硫酸分子和苯环反应，硫酸上的羟基（-OH）脱离，和 ...

不过我的IRC走向是左边是生成物、右边是反应物

X2y0x1y4x · 发表于 Post on 2020-8-11 18:54:54

喵星大佬发表于 2020-8-11 17:44
仔细看一下你的反应，你为什么执着于去找分子内的过渡态呢。。。。这个明显分子间的过渡态更合适，含有H的4 ...

我用的是QST2方法，找的是分子间的过渡态呀

X2y0x1y4x · 发表于 Post on 2020-8-11 19:56:42

X2y0x1y4x 发表于 2020-8-11 18:50
不过我的IRC走向是左边是生成物、右边是反应物

可以加下你交流下不，我也是刚开始学习高斯，我的qq：3011455624

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-8-11 21:59:13

本帖最后由喵星大佬于 2020-8-11 22:01 编辑

X2y0x1y4x 发表于 2020-8-11 18:49
分子间的过渡态？？？可以具体举例说明的吗？

我的意思就是，质子转移并不在这一步，分步进行的，这样协同的反应有个4元环转移质子，能垒显然是很高的再就是用自动找过渡态的方法去找只能找一步头的反应，因为前后原子序号是匹配好的，对于有不同反应路径的情况下找出来的过渡态极有可能是不靠谱的。

X2y0x1y4x · 发表于 Post on 2020-8-11 23:10:00

喵星大佬发表于 2020-8-11 21:59
我的意思就是，质子转移并不在这一步，分步进行的，这样协同的反应有个4元环转移质子，能垒显然是很高的 ...

其实我也有想过这个问题，说实话你刚好提到我想的问题的点上了，因为刚接触高斯不久，然后练习的过渡态结构都比较简单，不是很复杂，所以遇到这个稍微复杂的体系，因为看的帖子都说最好用TS方法寻找过渡态，但是现在这个体系稍微复杂了点，能不能麻烦你能详细说明下，在第一个反应，我该怎么去处理这个了？还有你说的这个质子转移，我该怎么去处理勒？有没有什么好的文献可以推荐下呀，我自己报班学到课程相对来说也比较简单。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-8-11 23:41:53

X2y0x1y4x 发表于 2020-8-11 23:10
其实我也有想过这个问题，说实话你刚好提到我想的问题的点上了，因为刚接触高斯不久，然后练习的过渡态结 ...

一般情况下酯交换是什么机理在有机化学的教科书里应该写的已经很清楚了，这种问题应该首先去看看教科书，毕竟是已经很成熟的反应了。
找用TS去找过渡态首先要了解反应，而大多数反应过程都是比较复杂的，靠QST2很难找出合适的反应路径，除非像环加成这样比较简单的反应。

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[综合交流] 过渡态搜寻，走的IRC两端连着反应物和生成物但是感觉振动方向有问题

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