求助: 布朗动力学升温模拟

北京的大猫

大家好!   
        本人最近在阅读文献的时候看到:"使用中等的布朗动力学模拟将体系温度从0K缓慢升到1000K."我不知道这个在gromacs中应该怎样实现,
为此,我尝试了以下的.mdp文件,但是一直报错,要么是能生成tpr文件,但是一运行就segment fault,要么是无法生成tpr文件.(注释掉其中的annealing部分,程序依然崩)目前并不知道如何运行BD的升温模拟, 还请各位有经验的前辈多多指点.gmx version:2020.2 谢谢大家!



integrator  = bd         ; 布朗动力学迭代器
bd-fric     = 0          ; 布朗动力学摩擦系数
ld-seed     = -1         ; 使用伪随机种子
nsteps      = 20000   ;
dt          = 0.001      ; 1 fs


; 输出数据控制
nstxout     = 1000       ; 每1.0 ps 保存坐标
nstvout     = 1000       ; 每1.0 ps 保存速度
nstenergy   = 1000       ; 每1.0 ps 保存能量
nstlog      = 1000       ; update log file every 1.0 ps
; Bond parameters
continuation            = yes       ; non-restart


; 模拟升温
tc-grps               = system  ; 系统升温
;annealing             = single  ; 非周期性
;annealing-npoints     = 2       ; 两个温度点
;annealing-time        = 0 10    ; 升温时间10ps
;annealing-temp        = 0 1000  ; 目标温度1000K


; 邻区搜索和非键相互作用
cutoff-scheme   = Verlet    ; Verlet pair list,not Velocity-Verlet method
;nstlist        = 20        ; frequency to update the neighbor list,for GPU,20 or 40 is better
rlist           = 1.2
rcoulomb        = 1.2       ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
rvdw            = 1.2       ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
coulombtype     = P3M-AD    ; Particle-particle-particle Mesh Ewald
pbc             = xyz       ; 3-D PBC


; 温度控制
;tcoupl      = v-rescale   ;  thermostat
tau_t       = 0.2         ; time constant, in ps
ref_t       = 1000         ; reference temperature, one for each group, in K
;nsttcouple  = 100         ; frequency for coupling the temperature,default =nstlist, is 10 if nstlist<=0
;nh-chain-length = 1       ; set 1 default


;Dispersion correction
DispCorr    = EnerPres  ; account for cut-off vdW scheme

sobereva

如果没有特殊原因，不要用布朗动力学，没什么实际意义

北京的大猫

sobereva 发表于 2020-8-12 07:29
如果没有特殊原因，不要用布朗动力学，没什么实际意义

非常谢谢sob老师, 还有一些疑问:
1.要想重复文献里的结果,不用bd,是不是使用v-resclae+annealing 更好?
2.另外升温摸拟过程中需要保证体积不变吗?如果是保证体积不变升温到1000K, 后面跑1000K的npt的时候还需要使用gen_vel吗?还是continuation=yes就可以了?还是升温过程也控压呢?
问题有点多,谢谢sob老师!

sobereva

北京的大猫 发表于 2020-8-12 08:48
非常谢谢sob老师, 还有一些疑问:
1.要想重复文献里的结果,不用bd,是不是使用v-resclae+annealing 更好?
...

1 是
2 不需要。用NPT才合理
显然不用gen_vel，以那么高温度初始化速度很容易崩。continuation=yes也没必要写，直接通过cpt文件延续之前的模拟状态就完了

北京的大猫

sobereva 发表于 2020-8-13 09:41
1 是
2 不需要。用NPT才合理
显然不用gen_vel，以那么高温度初始化速度很容易崩。continuation=yes也没 ...

非常感谢sob老师!