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[GROMACS] gromacs模拟有机小分子预组装过程求助

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本帖最后由 华理小妮 于 2020-8-16 14:58 编辑

我是做两个有机小分子(A、B)在氯仿溶液中的预组装体系的,在预组装过程中我们主要想尽可能多的产生A-B复合物,尽可能少产生A-A,B-B复合物。所以我先用Gaussian软件在
#P B3LYP/6-311+G** em=GD3BJ opt freq scrf(SMD,solvent=chloroform)


#P B3LYP/gen em=GD3BJ scrf(SMD,solvent=chloroform)
@ma-TZVP.txt/N

关键词下计算了这三种复合物的结合单点能,计算结果显示A-B复合物结合单点能高于A-A和B-B复合物之间的结合单点能。
之后我用gromacs模拟了这两种有机小分子的预组装过程,分子动力学研究是针对一个由1199个离散分子组成的系统进行的。所研究的分子系统是用GAFF力场建立的。RESP0.5电荷法分配部分的原子电荷。最初,跑了1ns,使混合物能量最小化,以去除不良的范德华接触。在这些能量最小化程序之后,将系统以恒定体积从0K加热到278K,以确保系统进化以获得稳定的密度和能量。最后,在NVT条件下,npt运行了10ns。MD运行了70ns,按理来说运行的步长足够了。但是用VMD软件查看md.gro文件时发现,A-B结合方式并不是按照Gaussian最终模拟显示的那样,gaussian模拟的A-B复合物两个分子之间是产生了两个氢键的,但是gromacs显示的并不是这样,只形成了一个氢键。是gromacs没有模拟结束吗?
想请问一下各位老师们。
第一张图是A分子用gaussian软件优化后的结构
第二张图是B分子用gaussian软件优化后的结构
第三张图是A-B复合物优化后的结构

QQ图片20200815223126.png (39.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

QQ图片20200815223126.png

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发表于 Post on 2020-8-16 10:19:33 | 只看该作者 Only view this author
你先检查一下第三个结构有没有proton transfer吧,要是羧基氢转移了,那MD里的模型就不太好办了。

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发表于 Post on 2020-8-16 11:45:47 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“gromacs 模拟有机小分子预组装过程”改了,以后务必注意

发图的时候要解释清楚每张图的含义,别让别人猜

用了gen的时候,说清楚到底用了什么基组

最后也没说清楚GROMACS模拟出来的是什么样
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-16 15:25:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-16 11:45
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反 ...

sober老师,不好意思,我刚才修改了一下问题,请您再帮我看一下谢谢,我报名了gromacs的初级培训班,想去北京问您呢,但是学校不让去,只能靠您发的讲义学习了。

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发表于 Post on 2020-8-17 08:24:36 | 只看该作者 Only view this author
结合具体结构进行分析。本身热运动就会明显破坏氢键。并且量化优化的结构中质子转移很明显,经典力场的动力学模拟体现不出这点,可考虑在模拟时让体系当成阴阳离子来考虑。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-17 10:28:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-17 08:24
结合具体结构进行分析。本身热运动就会明显破坏氢键。并且量化优化的结构中质子转移很明显,经典力场的动力 ...

sober老师,您建议的让体系当成阴阳离子来考虑,这与原来的区别在哪呢,是小分子top文件的区别吗?

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发表于 Post on 2020-8-17 11:56:50 | 只看该作者 Only view this author
华理小妮 发表于 2020-8-17 10:28
sober老师,您建议的让体系当成阴阳离子来考虑,这与原来的区别在哪呢,是小分子top文件的区别吗?

显然是
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-20 18:02:57 | 只看该作者 Only view this author

sober老师,您建议在模拟时让体系当成阴阳离子来考虑,可是考虑到我模拟的溶剂环境是氯仿,这样的话当成阴阳离子和实际的情况好像不相符,不知道是不是我理解错您的意思了。

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发表于 Post on 2020-8-28 04:06:54 | 只看该作者 Only view this author
华理小妮 发表于 2020-8-20 18:02
sober老师,您建议在模拟时让体系当成阴阳离子来考虑,可是考虑到我模拟的溶剂环境是氯仿,这样的话当成 ...

氯仿的情况羧基不会脱质子,氨基也不会结合质子
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-29 23:11:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-28 04:06
氯仿的情况羧基不会脱质子,氨基也不会结合质子

sober老师,我在用gaussian软件在氯仿溶剂下对这两个分子的复合物进行结构优化的时候,最终的复合物构型就是存在了质子解离的情况,但是您说经典力场模拟体现不出这一点,您建议让体系当成阴阳离子,但是阴阳离子和实际的情况不相符,因为氯仿的情况羧基不会脱质子,氨基也不会结合质子。

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发表于 Post on 2020-8-30 14:09:34 | 只看该作者 Only view this author
华理小妮 发表于 2020-8-29 23:11
sober老师,我在用gaussian软件在氯仿溶剂下对这两个分子的复合物进行结构优化的时候,最终的复合物构型 ...

氯仿下做MD时,两部分的拓扑文件都以中性状态来构建
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