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[GROMACS] gromacs不同力场如何统一?

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我需要拼接多肽和PEG,PEG是从ATB上下载的,而多肽是先用PYMOL拼接再用pdb2gmx生成的,所以它们的力场并不统一,PEG力场格式是gromacs格式的,而多肽的力场格式是OLPS的,我该如何把这两个力场耦合呢?或者我该如何得到PEG的OLPS格式/多肽的gromacs呢?

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发表于 Post on 2020-8-17 20:21:27 | 只看该作者 Only view this author
搞清楚GROMACS和GROMOS之间的关系。你的问法很莫名其妙。而且那叫OPLS不叫OLPS

你用GROMACS跑模拟,当然拓扑文件只能是GROMACS的格式。至于里面是什么力场的参数是另一码事。OPLS和GROMOS力场没法简单兼容。多肽用GROMOS力场就完了。若多肽非要用OPLS-AA,小分子就用ligpargen之类产生基于OPLS-AA力场的拓扑文件。见
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
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北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-17 21:47:20 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 一个小瓜皮 于 2020-8-17 21:54 编辑
sobereva 发表于 2020-8-17 20:21
搞清楚GROMACS和GROMOS之间的关系。你的问法很莫名其妙。而且那叫OPLS不叫OLPS

你用GROMACS跑模拟,当然 ...
file:///C:/Users/86189/Desktop/7d9fe6f67685b6496f6091ba21fb59f.png谢谢老师回复,我下次一定问问题之前先思考,捋清思路再问。gromacs是一个程序,而gromos即是一个力场,也有个程序叫gromos,不知道我的理解有没有错,然后图片里ATB中的gromacs格式的topol结构文件是指这是gromacs可用的G54AFF力场文件么,我观察G54AFF力场和pdb2gmx生成的gromos力场并不相同(二面角和键角表达不一样),请问一下这改怎么处理呢?

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发表于 Post on 2020-8-17 21:49:38 | 只看该作者 Only view this author
一个小瓜皮 发表于 2020-8-17 21:47
file:///C:/Users/86189/Desktop/8ab8dabcc342f9cffff0ad0db28e4d8.png
file:///C:/Users/86189/Des ...

仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-17 22:08:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-17 21:49
仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图

谢谢老师耐心回复以及指正,我下次一定问问题之前先思考,捋清思路再问。gromacs是一个程序,而gromos即是一个力场,也有个程序叫gromos,不知道我的理解有没有错,然后图片里ATB中的gromacs格式的topol结构文件是指这是gromacs可用的G54AFF力场文件么,我观察G54AFF力场和pdb2gmx生成的gromos力场并不相同(二面角和键角表达不一样),请问一下这改怎么处理呢?

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一个小瓜皮 发表于 2020-8-17 22:08
谢谢老师耐心回复以及指正,我下次一定问问题之前先思考,捋清思路再问。gromacs是一个程序,而gromos即 ...

理解没错

ATB给你的itp文件是GROMACS的拓扑文件,基于ATB作者修改版的GROMOS54A7力场的参数(里面新增了不少原子类型)

具体力场参数可以直接体现在拓扑文件里面,也可以只指定参数名,gromacs会自动到力场目录下的参数文件里去找相应名字的力场参数。
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发表于 Post on 2021-5-8 20:03:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-18 09:20
理解没错

ATB给你的itp文件是GROMACS的拓扑文件,基于ATB作者修改版的GROMOS54A7力场的参数(里面新增 ...

老师,我想用GROMOS54A7力场计算金属卟啉,首先使用AT获取金属卟啉的top和itp文件,这里我提交分子后,还用手动下载或者选择力场吗?然后镍卟啉刚提交就出现错误, Atom type 'NI' not currently supported by the ATB.所以想请问一下老师两个问题:
1)上面描述的关于ATB使用时,是否提交分子的pdb文件就可以了,然后看有关帖子描述ATB会给分子优化,想问一下老师使用的是什么方法
2)关于镍卟啉应该选择什么工具获得它的top和itp文件?谢谢老师

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发表于 Post on 2021-5-9 03:36:29 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-5-8 20:03
老师,我想用GROMOS54A7力场计算金属卟啉,首先使用AT获取金属卟啉的top和itp文件,这里我提交分子后,还 ...

同一个问题别在多个帖子里问
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