求助，利用tleap生成的prmtop文件，当原子数超过1000的时候，原子类型会被覆盖

await · 发表于 Post on 2020-9-10 14:02:27

利用tleap生成的prmtop文件，当原子数超过1000的时候，原子类型会被覆盖，该怎么解决？

图片为附件的截图

乙酰胞壁酸 · 发表于 Post on 2020-9-10 19:14:06

建议上传一下tleap部分的命令

await · 发表于 Post on 2020-9-10 19:26:02

乙酰胞壁酸发表于 2020-9-10 19:14
建议上传一下tleap部分的命令

tleap -f leaprc.protein.ff14SB
source leaprc.gaff
X = loadmol2 X.mol2
check X
loadamberparams X.frcmod
check X
saveamberparm X X.prmtop X.inpcrd
quit

cherushui · 发表于 Post on 2020-9-10 23:20:03

以前做粗粒化处理过类似的问题，是一个治标不治本的方法。思路是可以将原子标号的部分替换为16进制、32进制或是64进制，这样每个字符位可编码的数字会多一些，理论上讲三个数位可区分16^3 32^3或是64^3次方个原子，且保持4个字符的长度。

await · 发表于 Post on 2020-9-11 10:34:24

cherushui 发表于 2020-9-10 23:20
以前做粗粒化处理过类似的问题，是一个治标不治本的方法。思路是可以将原子标号的部分替换为16进制、32进制 ...

非常感谢，我想到过这个方法，但是如果采用这种方式，原子数过多的时候，或者碰到Cl元素的时候，原子类型的识别依旧会比较困难。目前好像只能这样了

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