计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9766|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求问如何使用gromacs计算定压及定容热容等溶液性质

[复制链接 Copy URL]

6

帖子

0

威望

45

eV
积分
51

Level 2 能力者

在gmx附带的程序文档中未找到相关说明,使用gmx energy -fluct_props 得到的输出中只有压缩系数,弹性模量及体积,真心求救,之前都用的openmm没有使用过Gromacs

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125136

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2020-9-15 15:03:18 | 只看该作者 Only view this author

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6

帖子

0

威望

45

eV
积分
51

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-16 11:37:26 | 只看该作者 Only view this author

170

帖子

0

威望

770

eV
积分
940

Level 4 (黑子)

4#
发表于 Post on 2022-3-3 20:35:51 | 只看该作者 Only view this author

请问老师这个分子数应该怎么选择?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125136

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2022-3-3 21:36:44 | 只看该作者 Only view this author
yangjunfang 发表于 2022-3-3 20:35
请问老师这个分子数应该怎么选择?

你模拟的体系有多少分子当然自己知道
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

170

帖子

0

威望

770

eV
积分
940

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2022-3-4 08:41:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-3 21:36
你模拟的体系有多少分子当然自己知道

好的,明白了老师,谢谢您

3

帖子

0

威望

63

eV
积分
66

Level 2 能力者

7#
发表于 Post on 2022-8-23 21:21:20 | 只看该作者 Only view this author

老师您好,请问楼主问题中的“使用gmx energy -fluct_props 得到的输出中”的弹性模量是如何输出的呢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125136

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2022-8-24 08:49:56 | 只看该作者 Only view this author
立正 发表于 2022-8-23 21:21
老师您好,请问楼主问题中的“使用gmx energy -fluct_props 得到的输出中”的弹性模量是如何输出的呢

help里可见
===============================  ===================
Property                         Energy terms needed
===============================  ===================
Heat capacity C_p (NPT sims):    Enthalpy, Temp
Heat capacity C_v (NVT sims):    Etot, Temp
Thermal expansion coeff. (NPT):  Enthalpy, Vol, Temp
Isothermal compressibility:      Vol, Temp
Adiabatic bulk modulus:          Vol, Temp
===============================  ===================

提取的数据你选了什么就能给出什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-20 13:54 , Processed in 0.221313 second(s), 29 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list