求助gromacs模拟五元环物质在硫酸铵水溶液中体系崩溃，结构出现变形

zym01 · 发表于 Post on 2020-9-18 14:37:25

本帖最后由 zym01 于 2020-9-19 12:18 编辑

求助：在进行五元环物质在硫酸铵水溶液中的模拟时，模拟的过程中经常会报错，而导致体系崩溃，五元环物质的拓扑文件是利用sob老师在培训班所给的acpype.py生成，基于GAFF力场，而NH4+和SO42-都是直接利用sob老师所给的文件。体系崩溃后导出的pdb文件发现确实有结构变形的情况，但是同样的拓扑文件在纯水中模拟不会出现崩溃，请问一下是什么原因呢。

em.mdp (388 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

IM6-32_GMX.gro (1.56 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

IM6-32_GMX.itp (25.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

md_heat_NPT.mdp (781 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 11)

md_NPT.mdp (687 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 10)

NH4 .itp (1.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

SO42-.itp (1.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

topol.top (1.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-18 23:25:02

具体哪个任务崩溃的、有什么报错都要交代清楚。体系结构文件也没给
当前体系里并没有NO3-
先尝试从低浓度的硫酸铵水溶液开始模拟，把问题简化、反复对比一点点搞清楚原因

zym01 · 发表于 Post on 2020-9-19 12:19:29

本帖最后由 zym01 于 2020-9-19 12:28 编辑

不好意思老师，打错了，应该是NH4+ 产生相的时候，任务跑到中间会崩溃，出现很多LINCS警告

tmp.rar (91.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 8) 不知道为什么不能直接上传pdb文件，我就用压缩包上传了，感谢老师，一楼的图片就是体系崩溃时导出的结构文件，结构本来是五元环的，但是发生了变形

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[GROMACS] 求助gromacs模拟五元环物质在硫酸铵水溶液中体系崩溃，结构出现变形

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