求助：使用amber99力场模拟多金属氧簇，其氧原子的类型应该选择哪一个呢？

BKYS · 发表于 Post on 2020-9-18 15:56:34

本帖最后由 BKYS 于 2020-9-18 16:05 编辑

使用amber99sb-ildn力场模拟keggin型多金属氧簇，其氧原子的类型应该选择哪一种呢？可以自己添加类型么？
O                16.00000    ; carbonyl group oxygen
OW             16.00000    ; oxygen in TIP3P water
OH             16.00000    ; oxygen in hydroxyl group
OS             16.00000    ; ether and ester oxygen
O2             16.00000    ; carboxyl and phosphate group oxygen
红色的是氧原子，蓝色是钨原子，灰色是磷原子。

sobereva · 发表于 Post on 2020-9-18 22:33:52

amber力场本来就是给生物体系用的，完全不适合这类体系。应当根据实际要模拟的具体问题恰当选择其它力场或计算手段

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[GROMACS] 求助：使用amber99力场模拟多金属氧簇，其氧原子的类型应该选择哪一个呢？

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