nanopore跑nvt后box压强过高，请问如何只计算孔内液体压强？

benzon222

准备用GEMC来模拟充满液体的nanopre吸收CO2,但是由于没办法找到合适的孔内的液体分子数量，总造成CO2吸收的不足或者过剩。所以打算将微孔内液体relax到1bar，然后再进行GEMC。但是在gromacs中，energy分析的压强总是包含墙体，造成压强巨大，以下是空白墙体的gromacs压强分析：

Energy                      Average   Err.Est.       RMSD  Tot-Drift

-------------------------------------------------------------------------------

Pressure                 5.4618e+07       0.35   0.237624  -0.144071  (bar)

Pres-XX                  8.26902e+07          0   0.158416  0.0960474  (bar)

Pres-YY                  8.11628e+07          0          0          0  (bar)

Pres-ZZ                     948.751         -- 3.62585e-06 2.19835e-06  (bar)

尝试使用Gromacs-ls进行z方向的stress profile，但是效果不是很好，可能是没完全掌握用法。

请问除了从压强分析中减去这个空白墙体压强来获得孔内液体压强，有什么方法可以只计算液体压强，或者不计算墙体压强吗？

非常感谢！

sobereva

把墙体设为mdp里的energygrp-excl组试试

benzon222

sobereva 发表于 2020-10-3 20:47
把墙体设为mdp里的energygrp-excl组试试

谢谢老师！使用enegygrp-excl 需要将cutoff-scheme改成Group, 且只能单核运行。不过对我来说已经十分够用了！感谢！