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[GROMACS] 关于安装不同版本的gromacs程序共存问题

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楼主
请教各位老师和同学:
我先安装了2020的双精度版本,在.bashrc文件中添加了环境变量,测试可以使用。
之后又安装了2020的单精度版本,为了区别,配置程序的时候给所有命令关键字添加了区别于双精度版本的后缀_s,同时也在.bashrc文件中添加了环境变量。

于是出现了这样的问题,如果使用想使用双精度版本,就需要在.bashrc文件中用#注释掉单精度的环境变量;反之如果想使用单精度版本,就需要在.bashrc文件中用#注释掉双精度的环境变量才能使用。
因为不清楚是在安装中的哪一步设置有问题,对GROMACS安装原理理解不深,特此希望阅读和经验丰富的老师同学们不吝指教。十分感谢!

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发表于 Post on 2020-10-11 05:16:14 | 只看该作者 Only view this author
正常情况应当先编译单精度版本,然后编译双精度的时候再加_d后缀,共存在相同目录,不会彼此冲突,用双精度版本的时候加上_d就行了,没必要在.bashrc里单独设置
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-11 17:42:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-11 05:16
正常情况应当先编译单精度版本,然后编译双精度的时候再加_d后缀,共存在相同目录,不会彼此冲突,用双精度 ...

非常感谢sob老师这么及时地为我解答。
     我理解的您的意思是把单精度和双精度的程序,在cmake的时候都指定到同一目录,比如-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/user/Software/gromacs2020,,然后共用一个变量source /home/user/Software/gromacs2020/bin/GMXRC。不知道我是否理解得对不对。
     您能从我的问题中看出来,在我之前的认知里,每安装一个版本gromacs都指定一个独立的安装目录。所以想跟您请教一下,在安装中的哪一步会造成关键字的冲突?
     以及我一直以来都没有在网上找到详细说明的,安装结束后make disclean的作用是什么,如果不清除之前编译产生的文件会有怎样的影响,以及安装结束后要删掉gromacs解压目录的原因是什么?
     再次感谢sob老师的为我这种个例问题的宝贵解答!

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发表于 Post on 2020-10-13 06:40:59 | 只看该作者 Only view this author
jluZ 发表于 2020-10-11 17:42
非常感谢sob老师这么及时地为我解答。
     我理解的您的意思是把单精度和双精度的程序,在cmake的时候 ...

单、双精度安装在相同路径下并没有冲突,本身可执行文件后缀用_d已经区分开了

此文我也专门说过
GROMACS的安装方法(含全程视频演示)
http://sobereva.com/457http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html
要编译双精度版本的话,先按照前文方式编译一遍单精度版本,毕竟这之后在研究中肯定也得用。然后再重复一遍编译过程,但是在编译FFTW时去掉--enable-float,并且在使用cmake3命令时额外加上-DGMX_DOUBLE=ON选项。双精度版本的GROMACS可执行文件是gmx_d,而单精度是gmx,因此单精度和双精度的可执行文件可以同时存在于同一目录,互不冲突。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-13 11:42:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-10-13 06:40
单、双精度安装在相同路径下并没有冲突,本身可执行文件后缀用_d已经区分开了

此文我也专门说过

特别感谢sob老师耐心解答!

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