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下面的问题我基本都在论坛里搜过了，但是可能有部分没搜到...如果存在有说明的问题，希望老师能给我个链接。感谢各位老师 1. 第一个问题是，在利用Autodock做完分子对接后，到底什么样的结合模式才应该拿来做分子动力学分析呢。如下图所示，一张是在c端和n端中间夹着的，第二张则是完全被包裹在蛋白内。这个蛋白是一种昆虫的气味结合蛋白（odorant binding protein），含有3个二硫键和6个alpha螺旋的小分子蛋白质； 2. 第二个问题是我在将蛋白和配体拆分的时候，将配体部分截取出来，结果放在gaussion view里面不会自动加氢。这个问题我之前在论坛里面搜如何让gview自动加氢，虽然知道了添加自动加氢的位置在哪里，但是对于这个问题的答案是没有用的。但是就在最近几天，因为配体的问题我跑去acpype的在线网站去做配体的itp文件出现了很多麻烦，于是我一直怀疑是自己在这一步出了问题，之后惊奇的发现，把配体的pdb文件最后一行的H原子都删掉，再放进guassionview里面，竟然全部自动加上氢了，但是很奇怪的是今天跑完rmsd，明明mdp文件里设置了消除体系平动，但是蛋白和配体还是一起动了，我一开始是怀疑自己是不是在设置索引文件的时候出问题了，不小心选错了别的，但是我重新好好设置索引文件后发现并没有出问题。这和以往很不一样，以前都是按照这个流程走的，不会出现平动现象，于是我认为可能会和我删除这个H原子有关联，现在正在重新跑（配体文件上传）； 3. 第三是我想说明acpype网站的机制，如果是小分子在queued的时间特别长，一定要注意是不是自己的配体有问题。因为看教材，在苄脒阳离子示例中，有“-n 1”这个添加项，所以这次我就在net charge中选择了1，然后就一直处于排队状态中，因为以前都非常快，最慢也不会说超过10分钟...而这次排队就一直排了两天，于是我重新提交了新的任务，重新注册账号，提交新任务，即便是改正过哦后的也不行，最后干脆决定自己用ambertools来做了，结果我发现自己加“-n 1”也是报错的，很无奈我四处求助，最后我试了一下去掉了这个选项，竟然成功了...问了sob老师是可以用的。于是当晚我立马就把之前的任务全部取消，提交了一个新的小分子，没有把net cahrge调高，果不其然，提交上去就进入了running模式，很快啊！结果就出来； 4. 第四个问题是昨天我按照教材里给的md文件，只改了步数为1亿步（步长2fs），想跑200ns的md分析，结果出来后还是出现了蛋白的平动现象，之后我把md.gro载人了vmd发现蛋白已经靠近了水盒子的边缘，之后在群里问sob老师，我就把盒子在vmd中使用 pbc box 画了出来，每隔50帧显示一次（应该是50，stride我填的51..），结果发现果然蛋白一部份区域撕裂的很厉害，之后我用通过索引文件用trjconv修复了protein_lig并得到了system的轨迹文件，protein_lig的确是不会出现rmsd的突然上升状况，但是配体却出现了，或者有可能是我的配体没有达到稳定（下图显示的是配体（ligand/MOL）rmsd）； 5. 最后一个问题是关于rmsd怎才能算是相对平衡或者说是稳定呢..之前也有问过sob老师，但是sob老师说是稳定的（不是上面的图）。但是其实我还想就是自己学一下这个到底怎么才能算是稳定。就比方说相对于backbone的蛋白，对于backbone的配体，和对于complex的complex，之前好像搜到过一个帖子，说是上下波动不超过1埃就算是相对稳定，是这样吗，或者说是有更加贴切具体一些的说法或者证明... 如果各位老师有空可以稍微看一下，我自己知识量太少，所以很有可能犯一些很低级的错误或者有一些问题描述的比较低级，希望各位老师多指正一下。
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发表于 Post on 2020-11-1 20:42:17
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楼主 Author
发表于 Post on 2020-11-1 23:31:58
，一定改正。