求助：RMSD值对于平均结构和初始结构的参考来判断体系平衡

阿帅先森 · 发表于 Post on 2020-11-9 20:46:09

请问各位老师，在计算蛋白配体复合物体系时，如何去说明复合物体系达到平衡状态
目前是配体对接在蛋白的一个结构域不同的位点上，对这四个位点的复合物进行了MD模拟
RMSD整体图如下，我抽取了其中两个体系分别参考初始结构与平均结构的RMSD趋势图
问题一：在文章中可以用哪个趋势图来说明体系的平衡状态，参考平均结构的RMSD趋势意义是什么？
另外：已经查看热力学参数属于收敛状态
问题二：请问体系二参考平均结构的RMSD值趋势在末尾不平衡，是否是体系还未平衡？
问题三：如果是参考初始结构的RMSD值波动，那么在平衡期的波动上下多少这个是否有参考标准？

阿帅先森 · 发表于 Post on 2020-11-9 20:47:08

第一张图只放了三个复合物体系与一个纯蛋白体系

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-10 03:04:55

1 参考平均结构是没意义的，平均结构肯定扭曲得非常严重

3 没严格标准。零点几nm的波动是正常的。如果有非常厉害的大幅变化，则需要结合轨迹特征进行解释。
建议把图拉宽，纵坐标上限设大，这样显得波动没那么厉害

阿帅先森 · 发表于 Post on 2020-11-10 08:54:13

sobereva 发表于 2020-11-10 03:04
1 参考平均结构是没意义的，平均结构肯定扭曲得非常严重

3 没严格标准。零点几nm的波动是正常的。如果有 ...

非常感谢您的解答，我按照您的建议拉宽了RMSD值，此时的曲线看上去会平缓许多
老师您好，我还有两个问题咨询
问题一：体系11是其中一个位点的复合物体系，我将模拟延长至了200ns还是一样的上下波动特别厉害，这是否是说明了该位点小分子配体结合不是特别的好，如果是的话，那么该位点我还需要放在文章中考虑并加以说明吗？如问题二所示，我在抽取了体系11的小分子自身RMSD值趋势后，发现有规律的收敛，所以很疑惑这个体系的数据是否可以使用？望老师解答
问题二：几个体系的小分子相对于自身初始结构的RMSD值都非常的稳定，这是否说明了小分子在口袋中能够很好的结合，还是说因为限制势的原因，小分子波动不会那么明显

阿帅先森 · 发表于 Post on 2020-11-10 08:54:53

纯蛋白体系和体系11的RMSD值趋势图

阿帅先森 · 发表于 Post on 2020-11-10 08:56:00

体系1的配体分子自身RMSD趋势图

阿帅先森 · 发表于 Post on 2020-11-10 08:56:29

体系7的配体小分子自身RMSD值趋势图

阿帅先森 · 发表于 Post on 2020-11-10 08:56:58

体系11小分子配体自身的RMSD值趋势图

阿帅先森 · 发表于 Post on 2020-11-10 08:58:19

拉宽之后的纯蛋白体系以及体系1与体系7的RMSD值趋势图，请问老师这样看上去是不是会平衡一些

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