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[GROMACS] UFF力场下水的拓扑求助

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请问老师,我对小分子使用的UFF力场,现在没有办法使用水模型该怎么办。怎么让已有的水模型使用到UFF力场下,或者有其他解决办法。(对水的描述不需要很精确,是否可以水分子也直接用UFF力场)

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发表于 Post on 2020-11-10 02:39:41 | 只看该作者 Only view this author
直接用一般的水模型就完了。搞懂GROMACS拓扑文件的规则,并理解UFF用的是几何平均混合LJ参数,自然就知道怎么用。(UFF和GROMOS力场在非键作用处理形式上是相同的,参考GROMOS的情况)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-15 22:48:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-10 02:39
直接用一般的水模型就完了。搞懂GROMACS拓扑文件的规则,并理解UFF用的是几何平均混合LJ参数,自然就知道怎 ...

请问老师,我看UFF力场中范德华项也是用σ和ε表示,那我找一个comb-rule也是用σ和ε表示的水的spc.itp文件就可以吧?  还有我看amber力场的ffnonbonded.itp中HW的σ和ε都为0这是正常的吗?

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发表于 Post on 2020-11-16 03:42:46 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2020-11-15 22:48
请问老师,我看UFF力场中范德华项也是用σ和ε表示,那我找一个comb-rule也是用σ和ε表示的水的spc.itp ...

这是两回事。spc.itp里利用了原子类型,但并不定义原子类型,自带力场的原子类型的范德华参数是在ffnonbonded.itp的[atomtypes]里体现的

大多数水模型中,只考虑氢的静电作用,不考虑氢的范德华作用。
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