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[GROMACS] 请问不同力场的选择对同一个实验的影响

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楼主
我看的是gromacs的教程,看到蛋白质配体复合物那里,他用的是GROMOS96 43A1联合原子力场,然后用PRODRG网站上传文件,得到gro和itp文件
1.我试了试和他一样用prodrg上传配体坐标,上床了96个原子,C40H56,为什么得到的gro和itp文件中只有40个C原子,H全部都不在
2.后来我看到别人去模拟教程这样做,但是用的是最新的charmm36力场,我想问问这两个力场都是可以用于蛋白的,那对最终的结果影响大吗。哪一个力场会更好呢


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发表于 Post on 2020-11-18 02:05:09 | 只看该作者 Only view this author
43A1早过时了,距今都20多年了,用这个就算实际结果还不错,也是等着被审稿人批

PRODRG早已过时,对于GROMOS力场应当用ATB,仔细看
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

搞清楚什么叫联合原子力场

用新得多得多的CHARMM36对蛋白描述得明显更好。建议用17年提出的最新的CHARMM36m,或者有现成GROMACS力场包的AMBER14SB

PS:别看那么老的教程了,只会让你走弯路...
明年1月的下一届北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里我会系统性地讲授蛋白质和蛋白-配体复合物体系该怎么合理地做模拟
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-18 08:52:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-18 02:05
43A1早过时了,距今都20多年了,用这个就算实际结果还不错,也是等着被审稿人批

PRODRG早已过时,对于GR ...

谢谢老师,我也想去培训班,希望能抢到机会

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