COD数据库下载cif文件中分数占位如何处理？

s345538842 · 发表于 Post on 2020-11-29 22:24:58

本帖最后由 s345538842 于 2020-11-29 22:31 编辑

最近在做硅酸盐矿物的相关工作，准备采用MS建模，然后使用gromacs进行分子动力学计算。
现在想要建立钠长石（NaAlSi3O8）的模型，从COD数据库下载到了他的cif文件，发现Al和Si占位中，Al和Si同时存在，其中Si占0.75，Al占0.25，通过MS导出的pdb文件全部都是Si原子。
在gromacs中计算要用到clayff力场，请问这种情况如何建立模型？
还是说将其中的四个Al和Si中，其中三个人为的设定为Si，剩下一个设定为Al？

薛定谔的老猫 · 发表于 Post on 2020-11-30 15:34:25

本帖最后由薛定谔的老猫于 2020-11-30 15:37 编辑

扩胞法，建议将扩胞之后的Si和Al按照比例分布在格点上，然后找出能量最小的排布，将之作为初始结构。

s345538842 · 发表于 Post on 2020-11-30 22:02:32

薛定谔的老猫发表于 2020-11-30 15:34
扩胞法，建议将扩胞之后的Si和Al按照比例分布在格点上，然后找出能量最小的排布，将之作为初始结构。

谢谢解答，扩胞之后结构的能量通过MS计算其单点能作为能量大小的判断么？还是说可以导出后用gromacs结合clayff计算其能量？？

薛定谔的老猫 · 发表于 Post on 2020-12-1 10:04:53

s345538842 发表于 2020-11-30 22:02
谢谢解答，扩胞之后结构的能量通过MS计算其单点能作为能量大小的判断么？还是说可以导出后用gromacs结合c ...

我觉得都可，不过候选结构数目还是比较多的，根据你的计算资源来。

s345538842 · 发表于 Post on 2020-12-1 11:10:06

薛定谔的老猫发表于 2020-12-1 10:04
我觉得都可，不过候选结构数目还是比较多的，根据你的计算资源来。

了解，谢谢，结构的数量是不少

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