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[GROMACS] 求助:关于一个分子不同基团之间的径向分布函数的计算

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各位老师好,看到一篇文献里如下图所示用GMX对一个结构的rdf进行了计算,他把一个分子分成Donor和Acceptor两部分,分别计算了:(1)体系中所有Donor和Acceptor基团间的rdf;(2)一个分子的Acceptor/Donor与其它分子的Acceptor/Donor间的rdf;   对此想请教一下大家:1、如何把一个结构分成几部分来计算不同部分间的rdf?
2、如图中蓝线计算一个分子的Donor与周围不同分子的Acceptor间的rdf时,如何排除自身分子中的Acceptor?
3、这些rdf是否体现的是不同基团质心间的距离?(如果是计算体系分子MOL间的rdf用 -ref "mol_com of resname MOL" -sel "mol_com of resname MOL"对吗?)
谢谢老师解答!



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发表于 Post on 2020-12-9 03:30:06 | 只看该作者 Only view this author
1 把每个分子那两个部分分别定义成不同残基名,然后用res_com of resname xxx方式来选择叫xxx的残基的质心
2 较大可能是作者自己写的分析代码或者借助其它轨迹分析库实现的,光靠gmx rdf应当实现不了
3 是。对

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-9 09:08:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-9 03:30
1 把每个分子那两个部分分别定义成不同残基名,然后用res_com of resname xxx方式来选择叫xxx的残基的质心
...

好的,了解了,非常感谢sob老师

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