蛋白与配体对接，如何看md结果是否可用

karme · 发表于 Post on 2020-12-16 18:41:20

我在做蛋白与配体的对接，用对接软件进行了对接，然后将蛋白和配体坐标分离，进行gromacs模拟。
在npt和nvt后，我看npt与nvt的gro文件（用pymol打开），发现和对接软件的结果差不多。
然后我进行100ns的md模拟，发现配体跑到了其他地方，不在最开始的位置，我觉得结果并不好，所以想看看轨迹。
随后我查看xtc轨迹文件，发现其中有一半的时间，配体都不和受体一起，而且还会脱离盒子，那么这个结果是否是可用的呢

1.在md模拟后，已知温度，压强等都达到平衡，如何判断一个md模拟是否可用
2.轨迹文件所来的配体受体长时间不在一起（甚至配体会在盒子外），是否可以继续采用这个结果
3.md后，要将md.gro作为最优答案吗

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-17 09:58:17

1、2 在根据基本模拟知识确保设置尽可能合理的前提下，看是否模拟现象和预期的或已知的事实相符。如果诸如已知某配体可以稳定结合在蛋白某位点上，跑出来不是这样，明显模拟有问题
3 md.gro就相当于轨迹最后一帧而已，看轨迹就已经非常清楚了，何必单独把md.gro拿出来说事

另外，这种类型体系的模拟毫无必要用NVT，没实际意义

karme · 发表于 Post on 2020-12-17 11:49:15

sobereva 发表于 2020-12-17 09:58
1、2 在根据基本模拟知识确保设置尽可能合理的前提下，看是否模拟现象和预期的或已知的事实相符。如果诸如 ...

谢谢 sob大

karme · 发表于 Post on 2020-12-17 11:53:13

sobereva 发表于 2020-12-17 09:58
1、2 在根据基本模拟知识确保设置尽可能合理的前提下，看是否模拟现象和预期的或已知的事实相符。如果诸如 ...

假如配体可以稳定结合在某个位点上，那么是不是看md轨迹时，配体基本就固定在那个位点，不会怎么动。
因为我这次的md轨迹，蛋白感觉会经常拉长

eagletyr · 发表于 Post on 2020-12-17 12:26:34

如果蛋白和配体的结合比较稳固，在跑MD的时候（我跑了500 ns）基本都在最开始的位置附近，变化不大

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-18 05:51:46

karme 发表于 2020-12-17 11:53
假如配体可以稳定结合在某个位点上，那么是不是看md轨迹时，配体基本就固定在那个位点，不会怎么动。
因 ...

会在平衡位置波动，可能构象也会变一变，但不至于整体大幅移动甚至跑出去

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