求教VMD中考虑周期性算出来的有的键长出错的问题

12342234 · 发表于 Post on 2020-12-17 20:41:25

本帖最后由 12342234 于 2020-12-17 20:47 编辑

VMD新手求教论坛各位老师：在我使用atomselect top "name A and pbwithin 2.4 of name B"选择原子计算键长的时候会出现超过2.4埃的结果（约为12埃，即盒子边长小一点点）据我确定确实是盒子两边的两个原子存在这种情况不知道各位老师是否遇见过这种问题是否有解决的办法

snljty · 发表于 Post on 2020-12-17 20:53:25

没看明白，这不正好说明考虑pbc以后距离确实在2.4 埃以内么？如果不想考虑pbc，就把pbwithin换成within。

12342234 · 发表于 Post on 2020-12-17 21:03:12

snljty 发表于 2020-12-17 20:53
没看明白，这不正好说明考虑pbc以后距离确实在2.4 埃以内么？如果不想考虑pbc，就把pbwithin换成within。

是这样的我选择pbwithin 想着算的话键长就应该是盒子A右边边界的原子a和右相邻盒子B里边的另一个原子b'算键长那么长度应该在2.4以内，但是实际上算的键长是盒子A右边的原子a和盒子A左边边界的原子b的距离这个距离就出现了大问题了也不知道该怎么处理....

九月九 · 发表于 Post on 2020-12-18 16:41:09

周期镜像的原因吧，你用什么算的，vasp？amber？

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