请问在使用MCPB.py生成frcmod文件时，force constant显示为0该怎么解决？

tokanond · 发表于 Post on 2020-12-23 04:34:36

大家好，我最近按照Amber的教程在做HEME（http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/mcpbpy_heme.htm），我的体系比之教程在Porphyrin ring的Fe上多了一个氧。我按照amber的教程使用Gaussian16跑small模型和large模型，都有正常跑完，并未报错。
可之后检查frcmod文件时却发现，Porphyrin ring上的 FE 和 Cystine上的 S 间的force constant为0。( The average force constant is negative, treat is as 0.0.) 实在不清楚原因。fchk文件太大传不上来，我把Gaussian输入文件添加到附件里了。纯新手，请大家看看我该从哪个方向解决，谢谢~

ananbaby2309 · 发表于 Post on 2022-3-7 05:31:25

你好，请问你的我问题解决了嘛？是不是第一步优化的时候有固定键呢

Ninilol · 发表于 Post on 2023-7-10 14:30:17

你好，我也遇到同样的问题，想问一下最后是怎么解决的

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[Amber] 请问在使用MCPB.py生成frcmod文件时，force constant显示为0该怎么解决？