求助：虚拟机中能跑的任务，在超算上报错

jimulation

在虚拟机中提交任务gmx mdrun -v -deffnm 1225 -nt 4，可以正常运行。
在超算上提交任务 yhrun -N 1 -n 4 -p bigdata gmx_mpi mdrun -s 1225.tpr -v -deffnm 1225 -ntomp 1，跑了几秒就报错，内容是"72 particles communicated to PME rank 1 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y. This usually means that your system is not well equilibrated."
在超算上提交指令改为yhrun -N 1 -n 1 -p bigdata gmx_mpi mdrun -s 1225.tpr -v -deffnm 1225 -ntomp 4，则可以正常运行，但是速度非常慢。

ps：虚拟机和超算上的gromacs版本都是2019.6。我的体系包含固液两相，其中固相是金属氯化物，液相是阴离子的水溶液。我手动将固相和阴离子的所有原子电荷都设为0，超算上依然有这个报错。

请教大家，这个可能是什么原因呢？现在能想到的唯一区别是超算上的gmx是跨节点并行版本，而虚拟机中则是openmp版本。但是这个怎么会导致报错？

sobereva

-ntomp 4跑一段时间平衡平衡（且确保看上去结果合理），然后再改成原先跑的方式继续算试试

你机子上那不叫OpenMP版本，目前的GROMACS默认情况编译的是thread-MPI和OpenMP混合并行的。

无论利用了thread-MPI还是MPI并行，都会牵扯到域分解，而这在纯OpenMP并行时不会涉及。

原子电荷设为0显然没意义。就算跑出来结果也毫无用处。