蛋白质分子相关的计算软件有哪些？

lufenghxu

以前主要使用Gaussian计算有机化学反应机理，向了解一下生物方面的计算，但是对生物方面不是很了解。请问像蛋白质这类物质哪些软件可以计算(请举例)？Gaussian能计算解决蛋白质的哪些问题？之前使用Gaussian计算过COF材料单体的性质，有些单体还没有完成一个结构构象的优化就退出了，感觉分子量太大Gaussian好像算起来比较吃力。

sobereva

蛋白质类型体系能算的问题太多了，诸如和不同环境下构象特征、和小分子结合能、活性位点催化、光谱等等等等，适合用的程序天差地别，你得先说清楚你具体想研究什么。

“有些单体还没有完成一个结构构象的优化就退出了”这种描述没有体现任何有效信息，若不去搞清楚为什么，仅仅因为这种现象就赖Gaussian无能，一定是在冤枉程序。