请教：如何将多个配体同时对接进一个蛋白质

RandomError · 发表于 Post on 2020-12-26 16:09:05

本帖最后由 RandomError 于 2020-12-26 16:10 编辑

各位老师同学好，我有一个口袋很大的蛋白质，当只对接一个分子到口袋内时，由于口袋太大导致分子倾向于停留在口袋中心，此时该分子与蛋白质无明显相互作用。于是我考虑将多个（>=2）该小分子同时对接到口袋里。

我在经过搜索之后，看到有人提出了一个方法：
1. 先将对接的格子画在接近预计会产生相互作用的蛋白质残基附近，进行第一次对接
2. 将对接结果与蛋白质制作成一个复合物
3. 在口袋的其他地方画一个不同的格子，再将第二个分子对接到上一步作成的复合物中
4. 重复第二、第三步

同时，我也想到了一个方法：
1. 画一个框住整个口袋的格子，进行第一次对接
2. 将得分最高或最合理的对接结果与蛋白质制作成一个复合物
3. 使用同样的格子，再将第二个分子对接到上一步作成的复合物中
4. 重复第二、第三步
（ps：在第二步与第三步之间可考虑将已对接上的分子设置为柔性残基）

我想知道上述的两种方法所得到的对接结果以及该方法本身是否合理。在此先感谢各位老师同学了！

另：我在查找相关的论文时看到Huameng Li在2010年发表了一篇名为Multiple Ligand Simultaneous Docking: Orchestrated Dancing of Ligands in Binding Sites of Protein的论文（DOI: 10.1002/jcc.21486），里面提到了一种叫做MLSD（Multiple Ligand Simultaneous Docking）的方法，该方法是基于autodock4实现的，根据论文描述，在对接多个配体到受体时这些配体能相互“感知”到彼此，与我期望的方法很符合。可惜这篇文章没有提供代码、软件等东西，只写了关于算法改进的一些公式。可惜由于我在这方面几乎没有什么了解，导致无法复现这个方法，如果有老师同学能够留下关于该方法的讲解，本人将不胜感激！

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-27 06:55:59

如果“倾向于停留在口袋中心”是指的分子悬在距离蛋白较远的位置，没有贴住蛋白出现，那应该是对接程序的问题或者使用上有问题，因为那种未结合的结构的打分应该很低才对

想用JCC那篇文章的话，最好就是直接写邮件联系通讯作者，说不定对方会给你现成的程序，如果对方对你帮助大，可以考虑问问对方是否愿意在文章中挂名。

RandomError · 发表于 Post on 2020-12-27 14:42:13

感谢sobereva老师的解答~我去检查一下对接的参数啥的~

nianbin · 发表于 Post on 2021-11-5 01:28:48

最新版本的dock vina 可以解决你的问题

木子玫 · 发表于 Post on 2021-11-19 11:16:09

nianbin 发表于 2021-11-5 01:28
最新版本的dock vina 可以解决你的问题

您好，打扰您一下，可以请教一下，这个是怎么做吗？

木子玫 · 发表于 Post on 2021-11-19 11:16:45

您是怎么解决的呢，请教一下

RandomError · 发表于 Post on 2022-5-2 15:32:18

最新版的vina添加了这一功能，详见：https://zhuanlan.zhihu.com/p/435331250

夏禾霖 · 发表于 Post on 2022-12-5 09:46:21

nianbin 发表于 2021-11-5 01:28
最新版本的dock vina 可以解决你的问题

哈喽，您好，请问有相关DOCK vina的多配体对接的教程可以分享一下吗？

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[分子对接] 请教：如何将多个配体同时对接进一个蛋白质

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