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[Amber] 求助:使用acpype调用Amber时出错

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各位老师好,我在使用acpype生成一个含有硼原子的GROMACS拓扑文件时出现如下错误,这个提示是否说明Amber没有硼原子的信息?请教一下大家有没有推荐的力场或解决方法?谢谢!

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发表于 Post on 2021-1-2 17:20:00 | 只看该作者 Only view this author
不支持硼
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-2 21:35:46 | 只看该作者 Only view this author

请问老师含有硼原子的纯有机小分子体系有合适的力场推荐吗

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发表于 Post on 2021-1-3 10:38:49 | 只看该作者 Only view this author
侧耳倾听 发表于 2021-1-2 21:35
请问老师含有硼原子的纯有机小分子体系有合适的力场推荐吗

一般的有机力场,诸如GAFF、CGenFF等都不支持硼,有硼必须自己拟合参数。UFF虽然支持硼,但比较糙
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-3 11:47:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-3 10:38
一般的有机力场,诸如GAFF、CGenFF等都不支持硼,有硼必须自己拟合参数。UFF虽然支持硼,但比较糙

好的,谢谢老师指导!

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