液液两相萃取过程模拟求助

sun666

老师您好，我做的是液液两相萃取过程（上层相为萃取剂+甲苯；下层相放入了1个金属分子和水溶液），目的是比较不同的分子从水相本体达到界面的时间以此来证明萃取快慢问题。现在有些问题想请教。
1.我想设置的盒子中水相与有机相体积比为1:1（两相都为50×50×50），我分别对水相和有机相进行了相平衡模拟保证他们NPT后都为50×50×50，但是将两相放到一起做NPT后盒子不为50×50×100（两相模拟时XY方向固定，盒子会收缩1nm左右）因此这样是不是就不能保证体积比为1:1。该如何解决呢。
2.我的目的是NVT模拟时比较不同分子移动到界面处的时间。因此要保证金属分子的起始位置相同，用packmol建模时候可以设置位置为（25,25,25即水相的中心位置）但是做EM和NPT后金属分子的位置将会变化不能保证NVT时分子的位置都相同，该如何解决呢。
3.对于结果的分析，不同的金属分子到界面处所需时间不同，应该从哪些角度进行分析呢（萃取剂与金属分子间的范德华力大小，萃取剂与金属分子形成的氢键强弱是我目前考虑到的，除此之外还应该分析哪些呢）

4.由于金属没有合适的力场，用的为UFF力场，因此为了能够模拟我体系中的水、甲苯、有机分子都使用的UFF力场。请教老师还有没有更优化的解决方法呢。

sobereva

1 反复尝试。做完NPT发现两相尺寸不同的话，editconf扩一下盒子，用gmx solvate往里面再加一些分子，重新跑NPT，直到能通过NPT稳定后得到两相尺寸相同的盒子

2 可以加个位置限制势

3 我不知道你说的“金属分子”指什么

4 我不知道你说的金属具体以什么形态存在，没法回答

sun666

sobereva 发表于 2021-1-11 03:33
1 反复尝试。做完NPT发现两相尺寸不同的话，editconf扩一下盒子，用gmx solvate往里面再加一些分子，重新跑 ...

谢谢老师解答
我说的金属分子表意不明，是金属含氧酸分子H3VO4、H4V4O12、H6V10O28三种。
问题3：除了萃取剂与金属含氧酸分子间的范德华力大小，萃取剂与金属含氧酸分子形成的氢键键能外还应该分析哪些呢
问题4：我曾在群里问过这个问题，但是对于这几种分子拟合力场无从下手，而且工作量太大，对于只是对利用模拟进行辅证我觉得去自己拟合力场是不是重点不对。因此体系中的水、甲苯、有机分子都使用的UFF力场

sobereva

sun666 发表于 2021-1-11 12:40
谢谢老师解答
我说的金属分子表意不明，是金属含氧酸分子H3VO4、H4V4O12、H6V10O28三种。
问题3：除了 ...

3 先跑出轨迹，看看轨迹特征再考虑怎么分析和解释