复合物分子模拟报错：坐标数不匹配

胡枝子

在做蛋白和小分子复合物的分子模拟，在准备添加离子前，运行：

gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topop.top -o ions.tpr

报以下错误：Program:     gmx grompp, version 2020-MODIFIED
Source file: src/gromacs/gmxpreprocess/grompp.cpp (line 668)

Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (solv.gro, 33645)
             does not match topology (topol.top, 33730)

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors



检查了top.top文件和solv.gro文件也没看出来问题，原子数量也是一致的，请问为什么会出现这样的错误，有没有什么解决方案？



求大神答疑！

sobereva

仔细看各个[moleculetype]里原子数是多少、[molecules]里各种分子数是多少，仔细计算拓扑文件对应的原子总数，肯定和gro有差异

sljm

你好，请问最后是怎么解决的呢？我拓扑文件的原子数目好像把MW虚拟位点算进去了，和solvent.gro里的原子数目对不上

ninisweetie

sljm 发表于 2023-10-29 13:26
你好，请问最后是怎么解决的呢？我拓扑文件的原子数目好像把MW虚拟位点算进去了，和solvent.gro里的原子数 ...

请问您解决了吗