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[GROMACS] 求助计算单分子的回转半径

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前辈们好,求问一下想要用GROMACS计算一个分子的回转半径,然后我的体系里可能是3000个这样的分子,它的gmx gyrate的计算结果就是单个分子的回转半径吗?还是说用索引限定它计算其中一个分子的回转半径呢?
此外,为什么GROMACS手册上说的回转半径是关于X,Y和Z轴的回转半径,而我在一篇文献里看到的理论计算方法是图里这样的,和分子质心相关的,ri是原子到分子质心的距离,想不明白为什么是关于X,Y,Z轴的。



以及对于饱和烷烃这种刚性的分子来说来说,温度对它的回转半径是不是没什么影响?                              


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发表于 Post on 2021-3-8 21:45:43 | 只看该作者 Only view this author
1 把3000个分子视为整体计算,还是每个分别计算取平均,取决于用不用-nmol选项

2 不矛盾,看我培训的ppt




3 除非很短的饱和烷烃,否则温度对其构象影响大极了,自然也影响回转半径
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-15 19:34:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-8 21:45
1 把3000个分子视为整体计算,还是每个分别计算取平均,取决于用不用-nmol选项

2 不矛盾,看我培训的ppt ...

谢谢老师,再请问一下计算回转半径的话对选用的系综有什么要求吗?NVT还是NPT?

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发表于 Post on 2021-3-16 07:04:25 | 只看该作者 Only view this author
fwan1006 发表于 2021-3-15 19:34
谢谢老师,再请问一下计算回转半径的话对选用的系综有什么要求吗?NVT还是NPT?

无所谓,跟这个没直接关系
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