为什么confab、vmd搜索带正电荷分子构象的过程中多了一个键或原子？

Altair · 发表于 Post on 2021-3-13 11:26:56

各位老师好，我现在在优化一个罗丹明类分子，如图所示，分子带一个正电荷：

我在chemdraw里面画好后，拷贝到chem3D里，然后保存为chem3D.gjf，用gview打开，将charge设为1，此时是正常的：

使用Multiwfn功能100-2-2将其转为chem3D.xyz后，拖入vmd中打开，发现羧基的H和蒽环上的C间多了一根键：

在vmd中将该键移去，保存为vmd.xyz。然后再在vmd中打开vmd.xyz，发现这根键还是存在：

用confab对vmd.xyz进行构象搜索，过程如图，得到traj.xyz：

将traj.xyz拖入vmd中，发现每一帧里，蒽环中都多了一个氢原子：

请问各位老师这是怎么回事呢？应当如何解决？

vmd.xyz (2.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

traj.xyz (20.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

chem3D.xyz (2.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

chem3D.gjf (3.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-14 02:55:34

仔细看
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

xyz文件根本不记录连接关系。你希望改过键连关系后下次打开还是那样，应该用mol这种有连接关系的文件格式。

这种体系可旋转的键总共也没几个，根本用不着confab，直接用gentor，设两个N-C、两个C-C键旋转就完了。
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

Altair · 发表于 Post on 2021-3-14 09:51:53

明白了，非常感谢sob老师！

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