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[GROMACS] 求助:参考原子和被统计原子互换,径向分布函数不变么?

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楼主
使用gmx模拟液滴在氮气中的运动,计算了g(r)n2-h2o和g(r)h2o-n2,发现二者的趋势完全一样,根据定义,这两个rdf在计算的时候,分母上的数值是不一样的,也就是被统计的原子不一样啊,那么被统计的平均密度也不一样啊,有点想不太懂为什么rdf一样,麻烦老师有空给解答一下吧,非常感谢~

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发表于 Post on 2021-3-30 20:40:19 | 只看该作者 Only view this author
我觉得可以这样简化理解:在极低浓度NaCl水溶液中,离子间隔非常非常远,每个Na+附近有一些水分子(O原子)与其水合。以某个Na+为中心取立方体,满足立方体内只有一个Na+(rho(Na+)=1),且水分子的平均密度与水的总体密度几乎相同(不妨令rho(O)=1000)。假设距离Na+为r处的微球壳内有4个O,则gr(O)=4/dV/rho(O)=4/1000dV,dV是微球壳体积。与此同时,在距离O为r处的微球壳内,gr(Na+)=4*[1/dV/rho(Na+)]/1000=4/1000dV,分子中的4代表在4个O附近的r球壳内出现了Na+,分母中的1000代表立方体内有1000个O,循环计算后要取平均。可见gr(O)=gr(Na+)。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-31 15:29:33 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2021-3-30 20:40
我觉得可以这样简化理解:在极低浓度NaCl水溶液中,离子间隔非常非常远,每个Na+附近有一些水分子(O原子) ...

非常感谢您的回复~~~

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