模拟磷脂膜和有机分子的复合体系，no default..和 atom name..not match

Publicl42y · 发表于 Post on 2021-4-10 10:41:43

练习了膜蛋白嵌膜模拟，想用gromacs模拟自己的体系（有机分子嵌膜体系），刚准备好几个文件，进行模拟，发现无论进行em还是md都运行不下去，生成不了tpr文件，程序反馈主要有两种报错：（1）no default improper Dih.types （2）Warning: atom name xxxx in .top and .pdb does not match 等，具体请看附图，目前处于小白自己摸索，实在不知道应该怎么改才能正确运行，请教各位老师。输入命令 gmx grompp -f em.mdp -c bilayer5.pdb -p topol4.top -o pr.tpr -n index.ndx -maxwarn 10" 附件为这几个文件。

index5.ndx (274.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

popc_53a6.itp (12.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

em.mdp (386 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

bilayer5.zip (207.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

topol4.top (75.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

panernie · 发表于 Post on 2021-4-10 14:50:43

molecu的top中[bond],[ angles ], [ dihedrals ]里面没有写指定的gb、ga、gd函数

panernie · 发表于 Post on 2021-4-10 15:05:23

你把ATB生成的54A7力场的冤死molecu的top上传一下，top有问题。

Publicl42y · 发表于 Post on 2021-4-10 15:53:37

十分感谢老师指出问题

，molecu分子的拓扑文件是用 CGenFF生成的，top文件是我将膜蛋白模拟得到的top文件中的protein部分替换成有机分子组成的，还有pdb文件是我用packmol搭建的。molecu的itp文件：

molecu.itp (75.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 4) 膜蛋白模拟的top文件：

topol-1a11.top (56.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

panernie · 发表于 Post on 2021-4-12 14:40:28

Publicl42y 发表于 2021-4-10 15:53
十分感谢老师指出问题，molecu分子的拓扑文件是用 CGenFF生成的，top文件是我将膜蛋白模拟得到的 ...

CGenFF是charmm力场对应的创建小分子的拓扑，你的top开头已经指定了GROMOS 54A7力场，所以力场不能够识别molecu分子的bond],[ angles ], [ dihedrals ]信息。才会导致no default improper Dih.types 。建议你可以使用ABT创建molecu的GROMOS 54a7匹配的top文件和参数。

Publicl42y · 发表于 Post on 2021-4-15 17:24:37

panernie 发表于 2021-4-12 14:40
CGenFF是charmm力场对应的创建小分子的拓扑，你的top开头已经指定了GROMOS 54A7力场，所以力场不能够识别 ...

您好，我一开始尝试过用ATB生成molecu分子的力场，但分子比较大，返回来的邮件说报错生成不了，想问一下如果我将分子分成几个片段去ATB分别生成力场再合到一起，这条途径可行吗？

panernie · 发表于 Post on 2021-4-15 19:51:40

Publicl42y 发表于 2021-4-15 17:24
您好，我一开始尝试过用ATB生成molecu分子的力场，但分子比较大，返回来的邮件说报错生成不了，想问一下 ...

我没试过两个力场混合使用，不过GROMOS和Charmm（CGenFF）应该可以联用。但是你需要注意一点，力场联用会导致体系不合理。你完全都可以使用Charmm力场进行模拟。

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