gromacs怎么进行溶液的拉伸动力学模拟？

atomhong · 发表于 Post on 2021-4-15 22:28:22

想做一个液膜的拉伸动力学模拟，但是跑的过程分子一直散开，想问问有人做过类似的吗，mdp文件是怎么写的，能不能分享一下？

这两一个跑之前的，一个跑之后的，水分子都散开了，下面的是别人文献中的图，不知道有什么方法？

IamHK · 发表于 Post on 2021-4-16 11:19:33

是不是拉动速率太快了，你先把你的mdp文件贴出来看一看

atomhong · 发表于 Post on 2021-4-16 15:53:10

mdp是这样的，我试过type=constant的 rate=0.005 k=500,也会跑散掉

atomhong · 发表于 Post on 2021-4-16 15:55:42

IamHK 发表于 2021-4-16 11:19
是不是拉动速率太快了，你先把你的mdp文件贴出来看一看

你做过类似的吗，求教一下你是怎么设置mdp文件和编写拉伸组的

IamHK · 发表于 Post on 2021-4-16 17:19:39

atomhong 发表于 2021-4-16 15:55
你做过类似的吗，求教一下你是怎么设置mdp文件和编写拉伸组的

你这是恒力牵引，可以试着使用恒速牵引，将constant-force改为 umbrella，然后设置一个小的牵引速度0.001
pull-coord1-rate=0.001

IamHK · 发表于 Post on 2021-4-16 17:29:56

为什么要限制定义组在X和Y两个方向上的运动

atomhong · 发表于 Post on 2021-4-25 17:39:48

IamHK 发表于 2021-4-16 17:29
为什么要限制定义组在X和Y两个方向上的运动

设置冻结是想让拉的那个组只在拉伸的方向移动，不知道这样设置针对我这个模拟是不是合不合理。然后我之后试了一下，现在不会散掉了，现在我想要统计拉伸过程的平均力势能，看教程里的好像很复杂，需要每一小段时间就选取结构文件，不知道你有什么好一点的方法吗？谢谢~

努力学习 · 发表于 Post on 2022-1-7 15:06:53

同学，我最近也在根据你贴出的文献进行拉伸分子动力学模拟，请问你的问题解决了吗，我想请教下拉伸的mdp文件只是在npt的mdp文件的基础上加上pull部分吗

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] gromacs怎么进行溶液的拉伸动力学模拟？