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[NAMD] 请问下大家关于跑磷脂膜平衡的问题

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最近在跑磷脂膜的平衡,最小化完成后,进行了5ns的MD模拟,可是跑的过程中发现结构有点散,上层水分子会往下跑。所以想请问下大家这是不平衡的原因吗,如果是,该如何修改conf文件呢?最小化后的图和5ns之后的图给出了。conf文件也给出了,请大家指点一下。

5ns后.png (417.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 47)

最小化后

最小化后

最小化后.png (440.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

5ns后

5ns后

sample.conf

1.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

配置文件

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发表于 Post on 2021-4-26 13:42:48 | 只看该作者 Only view this author
没太明显的异常,本身实际的磷脂膜就没有你想象得那么理想
你的模型水层厚度偏小
“上层水分子会往下跑”如果是指跨越盒子上方而跑到底下,这是周期边界条件带来的极为正常的事情
观看磷脂膜的时候应当用正交视角,避免视觉误差
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-26 14:52:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-26 13:42
没太明显的异常,本身实际的磷脂膜就没有你想象得那么理想
你的模型水层厚度偏小
“上层水分子会往下跑” ...

谢谢社长。我想做的是磷脂膜在电场作用下的研究(像用VMD计算水分子偶极矩),那我如果在这个情况下加电场再进行模拟,会对图像或者计算的结果有影响吗?

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发表于 Post on 2021-4-26 15:09:58 | 只看该作者 Only view this author
namd学者 发表于 2021-4-26 14:52
谢谢社长。我想做的是磷脂膜在电场作用下的研究(像用VMD计算水分子偶极矩),那我如果在这个情况下加电 ...

仔细阅读我的回复
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-26 15:28:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-26 15:09
仔细阅读我的回复

了解了,谢谢社长

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