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[VMD] 渲染某帧构象求助

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大家好,今天在复习蛋白质的水中渲染视频时候,我取了最后一帧构象,发现水跑出盒子了,进而渲染出的z<50区域的结果和启示的构象不同,不知道哪里出错了,麻烦大家指导,谢谢!





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初始渲染结果

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发表于 Post on 2021-4-29 15:54:31 | 只看该作者 Only view this author
只不过是轨迹的PBC记录问题
修正轨迹的PBC考虑,让原子始终在盒子里就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-29 16:17:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-29 15:54
只不过是轨迹的PBC记录问题
修正轨迹的PBC考虑,让原子始终在盒子里就完了

Sob老师,使用gmx trjconv -f md2.xtc -s md.tpr -b 25000 -e 25000 -o 25ns.gro -center么?这里需要建立索引文件么?

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发表于 Post on 2021-4-29 16:20:22 | 只看该作者 Only view this author
kiss小婕55 发表于 2021-4-29 16:17
Sob老师,使用gmx trjconv -f md2.xtc -s md.tpr -b 25000 -e 25000 -o 25ns.gro -center么?这里需要建 ...

-pbc atoms
直接产生的轨迹文件本身就是-pbc atoms,如果你没对轨迹做任何特殊处理,理应不会那样
不需要用-center,也不需要索引文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-29 16:23:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-29 16:20
-pbc atoms
直接产生的轨迹文件本身就是-pbc atoms,如果你没对轨迹做任何特殊处理,理应不会那样
不需 ...

明白了,Sob老师     这个经过nojump处理后的提取的构象,谢谢老师

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