求解答，xtb电荷设置问题

nemolee

使用xtb时用命令强制电荷为+2（Zn离子），一开始（图1）显示是正常的，但很快显示图2的charge是0，这样结果是不是有问题了？

RAL

xtb的GFN-FF没办法在命令行指定体系的电子结构信息，但不会报错，而是把--chrg --uhf自动忽略掉，有点坑其实。
可以改用GFN0-xTB进行MD模拟，或者自己给一个.chrg文件

nemolee

RAL 发表于 2021-5-8 17:22
xtb的GFN-FF没办法在命令行指定体系的电子结构信息，但不会报错，而是把--chrg --uhf自动忽略掉，有点坑其 ...

您是说，即使开始那个calculation setup显示有电荷，后面也会直接忽略吗？这个MD做的是不带电荷的吗？可是我刚用vmd看配位数Zn周围是六配位，应该是离子态啊。

我试过.CHRG指定了，结果一样，如下：

           -------------------------------------------------
          |                Calculation Setup                |
           -------------------------------------------------

          program call               : xtb xtb.pdb --input input --md --gfnff
          hostname                   : bigdaddy
          coordinate file            : xtb.pdb
          omp threads                :                    12
          number of atoms            :                  2643
          number of electrons        :                  7076
          charge                     :                     1
          spin                       :                   0.0
          first test random number   :      0.89721877419557

# atoms in fragment 1/2:    42  2601
fragment masses (1/2) :      412.58    15619.25
CMA distance (Bohr)    :   3.219
constraining FC (au)   :  0.0500
          charge from pdb residues: 0
   1.00000000000000     
          GFN-FF topology read from file successfully!

         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
         ::                     SUMMARY                     ::
         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
         :: total energy            -298.199598363851 Eh    ::
         :: gradient norm              1.294976545394 Eh/a0 ::
         ::.................................................::
         :: bond energy             -234.209123477160 Eh    ::
         :: angle energy               1.483936395525 Eh    ::
         :: torsion energy             0.038294808185 Eh    ::
         :: repulsion energy          23.498914683553 Eh    ::
         :: electrostat energy       -82.356264655409 Eh    ::
         :: dispersion energy         -1.707742887240 Eh    ::
         :: HB energy                 -4.920851696642 Eh    ::
         :: XB energy                  0.000000000000 Eh    ::
         :: bonded atm energy         -0.026761534735 Eh    ::
         :: external energy            0.000000000000 Eh    ::
         :: add. restraining           0.000000000073 Eh    ::
         :: total charge              -0.000000000000 e     ::
         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

lyj714

好像是pdb格式的毛病，xyz没问题。

1. charge from pdb residues:

复制代码

xtb使用gfnff时读pdb格式会直接用pdb中给的电荷，一般pdb的电荷列会没有值，所以xtb计算就始终为0

nemolee

lyj714 发表于 2021-5-8 22:40
好像是pdb格式的毛病，xyz没问题。
xtb使用gfnff时读pdb格式会直接用pdb中给的电荷，一般pdb的电荷列会没 ...

我用pdb文件跑xtb已成功指定了电荷，.CHRG文件和命令行都用了，貌似是CHRG文件起作用了。
# atoms in fragment 1/2:    42  2601
fragment masses (1/2) :      412.58    15619.25
CMA distance (Bohr)    :   3.219
constraining FC (au)   :  0.0500
########################################################################
[WARNING] Please study the warnings concerning your input carefully
-1- prog_main: Charge in sdf/mol input was overwritten
########################################################################
          charge from pdb residues: 1
   1.00000000000000



         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
         ::                     SUMMARY                     ::
         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
         :: total energy            -296.887407611223 Eh    ::
         :: gradient norm              1.294692733173 Eh/a0 ::
         ::.................................................::
         :: bond energy             -234.209123477160 Eh    ::
         :: angle energy               1.483834320024 Eh    ::
         :: torsion energy             0.037740919550 Eh    ::
         :: repulsion energy          23.490197963653 Eh    ::
         :: electrostat energy       -81.036875717923 Eh    ::
         :: dispersion energy         -1.706553290740 Eh    ::
         :: HB energy                 -4.921238885122 Eh    ::
         :: XB energy                  0.000000000000 Eh    ::
         :: bonded atm energy         -0.025389443577 Eh    ::
         :: external energy            0.000000000000 Eh    ::
         :: add. restraining           0.000000000073 Eh    ::
         :: total charge               1.000000000000 e     ::
         :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::

nemolee

RAL 发表于 2021-5-8 17:22
xtb的GFN-FF没办法在命令行指定体系的电子结构信息，但不会报错，而是把--chrg --uhf自动忽略掉，有点坑其 ...

谢谢，已成功指定电荷。之前尝试没成功，现在想来应该是要删除那个gfnff_topo文件才行.

lyj714

nemolee 发表于 2021-5-12 00:56
谢谢，已成功指定电荷。之前尝试没成功，现在想来应该是要删除那个gfnff_topo文件才行.

还不如用xyz做输入文件，命令行直接指定来的直接。

nemolee

lyj714 发表于 2021-5-12 01:00
还不如用xyz做输入文件，命令行直接指定来的直接。

之前试过各种输入文件都失败了，等有空我核实一下是不是也是因为没删掉gfnff_topo文件。

Somnus荣小荣

nemolee 发表于 2021-5-12 00:55
我用pdb文件跑xtb已成功指定了电荷，.CHRG文件和命令行都用了，貌似是CHRG文件起作用了。
# atoms in fr ...

您好，最近遇到了跟您一样的问题，需要同时指定CHRG和UHF，使用命令行--chrg -1 --uhf 1 也会出现开始显示是正常，很快就变成了charge为0的情况，请问您如何实现的呀（CHGR文件和UHF文件以及命令行如何同时使用呀），恳请您指点