有没有人用VMD处理过lammps反应力场分子动力学得到的轨迹？

cuihongqiang · 发表于 Post on 2021-5-11 16:56:19

想问下有没有人用VMD处理过lammps反应力场分子动力学得到的轨迹

waitingseven · 发表于 Post on 2021-5-11 20:05:17

vmd可以处理lammpstrj轨迹文件，file---new molecule---determine file type----lammps trajectory, 也可以通过Extentions里的Tk console 来load.

cuihongqiang · 发表于 Post on 2021-5-11 22:59:52

waitingseven 发表于 2021-5-11 20:05
vmd可以处理lammpstrj轨迹文件，file---new molecule---determine file type----lammps trajectory, 也可以 ...

我想处理的是反应力场做的轨迹，有成断键的那种

fineren · 发表于 Post on 2021-5-12 08:24:22

同问，如何分析反应的产物碎片？

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-12 13:39:35

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“lammps反应力场的轨迹处理”改了，以后务必注意

有问题直接一次性描述清楚，不要问“有没有...”，更不要等有人接话后才把隐藏的条件交代出来，这样只会白耽误自己和他人的时间

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-12 13:41:16

fineren 发表于 2021-5-12 08:24
同问，如何分析反应的产物碎片？

Chemical Trajectory Analyzer：https://sourceforge.net/projects/chemtrayzer/。对Lammps的ReaxFF模拟结果进行统计分析

cuihongqiang · 发表于 Post on 2021-5-12 15:59:24

sobereva 发表于 2021-5-12 13:41
Chemical Trajectory Analyzer：https://sourceforge.net/projects/chemtrayzer/。对Lammps的ReaxFF模拟 ...

去看下，谢谢

被科研狠狠摩擦 · 发表于 Post on 2024-3-4 21:00:36

sobereva 发表于 2021-5-12 13:41
Chemical Trajectory Analyzer：https://sourceforge.net/projects/chemtrayzer/。对Lammps的ReaxFF模拟 ...

你好，这个chemtaryzer怎么运行呢

懒羊羊当大厨 · 发表于 Post on 2024-11-12 09:22:27

sobereva 发表于 2021-5-12 13:41
Chemical Trajectory Analyzer：https://sourceforge.net/projects/chemtrayzer/。对Lammps的ReaxFF模拟 ...

请问ovito有类似的软件吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-12 11:04:09

懒羊羊当大厨发表于 2024-11-12 09:22
请问ovito有类似的软件吗？

我拒绝使用ovito

sobereva · 发表于 Post on 2024-11-12 11:04:20

被科研狠狠摩擦发表于 2024-3-4 21:00
你好，这个chemtaryzer怎么运行呢

看自带的说明或者google
我自己不用

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[Lammps] 有没有人用VMD处理过lammps反应力场分子动力学得到的轨迹？