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[Gaussian/gview] 计算输入.chk文件和.com文件应该存放在哪个目录下

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本帖最后由 斯水城 于 2021-5-13 21:21 编辑

高斯算不同溶剂下的自由能变,先优化频率分析后再算高精度单点。提交服务器脚本如下:
但是在第一步结构优化得到的.chk文件直接与下一步计算要用的.com文件放在一起会出现错误:%nprocs=12 Will use up to   12 processors via shared memory.
%mem=3gb
%oldchk=1.chk
Copying data from "1.chk" to current chk file "/tmp/985713.tmpdir/scr/Gau-30047.chk"
IOpt=  2 FromEx=T IUOpen= 4 IOptOp= 5 NList=   0 IFRang= 0 IUIn= 4 IUOut= 2.
----------------------------------
#P B2PLYPD3/def2TZVP geom=allcheck
----------------------------------
1/29=7,38=1,172=1/1;
2/12=2,40=1/2;
3/5=44,7=101,11=9,14=-4,25=1,30=1,74=-60/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
8/10=1/1;
9/16=-3/6;
6/7=2,8=2,9=2,10=2/1;
99/5=1,9=1/99;
Leave Link    1 at Thu May 13 14:58:54 2021, MaxMem=   402653184 cpu:               0.5 elap:               0.0
(Enter /share/apps/g16/A03/l101.exe)
Structure from the checkpoint file:  "/tmp/985713.tmpdir/scr/Gau-30047.chk"
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20502 Len=         100 IPos=           4 Q=        202040064


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    16 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =      659456 FType=2 FMxFil=10000

Number              0           501           502           598           801           988
Base           250880         43520        142336        146944        250368         65024
End            659456         44520        146441        146947        250374        135028
End1           659456         44544        146944        147456        250880        135168
Wr Pntr        250880         43520        142336        146944        250368         65024
Rd Pntr        250880         43520        142336        146944        250368        135028
Length         408576          1000          4105             3             6         70004
Int.Num             1             2             3             4             5             6

Number            989           991           992           993           994           995
Base            44544        135680        135168         43008         40448         42496
End             64544        142242        135178         43208         40478         42516
End1            65024        142336        135680         43520         40960         43008
Wr Pntr         44544        135680        135168         43008         40448         42496
Rd Pntr         44544        142242        135178         43208         40478         42516
Length          20000          6562            10           200            30            20
Int.Num             7             8             9            10            11            12

Number            996           997           998           999
Base            41472         41984         40960        147456
End             41672         42130         41160        249960
End1            41984         42496         41472        250368
Wr Pntr         41472         41984         41160        147456
Rd Pntr         41672         42130         41160        149960
Length            200           146           200        102504
Int.Num            13            14            15            16


dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =     1 SizExt =         0 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base            40448
End             65536
End1            65536
Wr Pntr         40448
Rd Pntr         40448
Length          25088
Int.Num             1


dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = F LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base            40448
End             65536
End1            65536
Wr Pntr         40448
Rd Pntr         40448
Length          25088
Int.Num             1
FileIO operation on non-existent file.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-20502 Len=         100 IPos=           4 Q=        202040064
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
百度错误原因后发现可能的解决方案如下: “Operation on .chk file was specified (e.g. geom=check, opt=restart), but .chk was not found. Check that:-

%chk= was specifed in .inp-

.chk has the same name as .inp-

.chk is in the same directory as .inp -

run transports .chk to temporary folder upon job start. Run s downloaded here should do this. -”可能我需要输入的.com文件和.chk文件存放的目录有问题(原先这两个文件都放在同一目录GAUSS_RUNDIR=/tmp/$LSB_JOBID.tmpdir下)遂改运行脚本如下: ,将.chk文件复制到“GAUSS_SCRDIR”目录下,但是还是没有得到正常结束的.log文件,输出文件结果如下:Gaussian 16:  ES64L-G16RevA.03 25-Dec-2016

                13-May-2021
******************************************
%nprocs=12
Will use up to   12 processors via shared memory.
%chk=6NEW.chk
%mem=3gb
%oldchk=6.chk
Copying data from "1.chk" to current chk file "1NEW.chk"
IOpt=  2 FromEx=T IUOpen= 4 IOptOp= 5 NList=   0 IFRang= 0 IUIn= 4 IUOut= 2.
Old file "6.chk" could not be opened.
Error termination via Lnk1e in /share/apps/g16/A03/l1.exe at Thu May 13 15:52:25 2021.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.1 seconds.
Elapsed time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      1 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
说“Old file "6.chk" could not be opened.”,因此想请教各位老师,.com文件和.chk文件应该放在哪个目录下、为什么同样在linux下生成的.chk文件在linux上无法打开


本版积分规则 Credits rule

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