amber 通过PBS队列并行问题

milkxx · 发表于 Post on 2015-12-8 15:32:01

使用openmpi编译的并行版本的Amber，本地运行没有问题，但通过torque队列提交后提示：

“There are not enough slots available in the system to satisfy the 2 slots
that were requested by the application:
sander.MPI

Either request fewer slots for your application, or make more slots available
for use.

不知道是什么原因，求提示

使用队列软件：torque 6.0
作业申请资源：”#PBS -l nodes=1:ppn=2“
mpi运行命令：mpirun -np 2 sander.MPI -O .......

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-8 17:37:33

（只用过SGE不确定），看看是不是mpi环境没有配置，只允许了默认的一个核。

milkxx · 发表于 Post on 2015-12-8 20:25:05

liyuanhe211 发表于 2015-12-8 17:37
（只用过SGE不确定），看看是不是mpi环境没有配置，只允许了默认的一个核。

恩可能，我再查查。谢谢呀不过Gaussian并行没有问题，真不清楚MPI错再哪里了

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-8 20:35:46

milkxx 发表于 2015-12-8 20:25
恩可能，我再查查。谢谢呀不过Gaussian并行没有问题，真不清楚MPI错再哪里了

高斯的节点内并行是openmp的，只占一个进程，而amber基于MPI并行会有两个进程，情况不同。

milkxx · 发表于 Post on 2015-12-8 20:50:41

sobereva 发表于 2015-12-8 20:35
高斯的节点内并行是openmp的，只占一个进程，而amber基于MPI并行会有两个进程，情况不同。

恩多谢提示我再检查检查，不过暂时没看到有更改这个限制的地方

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-9 05:09:38

milkxx 发表于 2015-12-8 20:50
恩多谢提示我再检查检查，不过暂时没看到有更改这个限制的地方

SGE的在队列设置里，比如 qconf -mq all.q，-mq是modify quene，里面有一个slots的值，应该在类似地方

milkxx · 发表于 Post on 2015-12-9 15:54:34

liyuanhe211 发表于 2015-12-9 05:09
SGE的在队列设置里，比如 qconf -mq all.q，-mq是modify quene，里面有一个slots的值，应该在类似地方

恩谢谢你提醒，这个在PBS队列里面也有类似设置，我检查了一下应该没问题。

现在还在继续寻找原因～～

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-10 01:21:51

milkxx 发表于 2015-12-9 15:54
恩谢谢你提醒，这个在PBS队列里面也有类似设置，我检查了一下应该没问题。

现在还在继续寻找原因～ ...

查了一下，发现记错了，应该是qconf -mp [mpi 或 smp]，Gaussian环境应该用的是smp，而一些多进程的程序比如orca会用mpi，-mp是modify Parallel environment。mpi和smp任务都可以放到同一个quene里。看看这个设置是不是有问题（有区别）

milkxx · 发表于 Post on 2015-12-10 08:29:04

liyuanhe211 发表于 2015-12-10 01:21
查了一下，发现记错了，应该是qconf -mp [mpi 或 smp]，Gaussian环境应该用的是smp，而一些多进程的程序 ...

十分感谢你提供这么多的解决方案，太谢谢了。
问题解决了最后重新编译了最新的openmpi 问题解决了谢谢

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