分子对接方法富集因子的考察

yangjunfeng · 发表于 Post on 2015-12-9 15:07:32

分子对接方法富集因子的考察请问哈，有谁做过这个？求指教,谢谢

greatzdk · 发表于 Post on 2015-12-9 16:03:02

本帖最后由 greatzdk 于 2015-12-9 16:05 编辑

先将阳性分子（已知作用位点和活性）混同诱饵分子（或随机或与阳性结构物化性质类似且无活性的分子）对接，按照打分排列，然后按照比例计算这次实验的真阳和假阳的比例。具体计算ROC方法参考http://alexkong.net/2013/06/introduction-to-auc-and-roc/

yangjunfeng · 发表于 Post on 2015-12-14 13:33:21

greatzdk 发表于 2015-12-9 16:03
先将阳性分子（已知作用位点和活性）混同诱饵分子（或随机或与阳性结构物化性质类似且无活性的分子）对接， ...

嗯，谢谢老师的指导，我按您的试试

yangjunfeng · 发表于 Post on 2015-12-14 16:09:14

greatzdk 发表于 2015-12-9 16:03
先将阳性分子（已知作用位点和活性）混同诱饵分子（或随机或与阳性结构物化性质类似且无活性的分子）对接， ...

老师，您好，又要麻烦您指导哈，那个阳性分子混同诱饵分子这个怎么弄？或者在哪里寻找？谢谢

greatzdk · 发表于 Post on 2015-12-14 17:44:36

本帖最后由 greatzdk 于 2015-12-14 17:45 编辑

@yangjunfeng两种办法去找诱饵分子，
一，你可以用一个软件叫decoyfinder，输入阳性分子的结构，他会搜索符合条件的诱饵分子。
二，可以用DUDE，类似方法寻找诱饵分子。去https://dude.docking.org/查看一下。
得到诱饵分子后，就将诱饵分子和阳性分子分别打分，然后按照之前说的，去做曲线即可。

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