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[GROMACS] gromacs拉伸模拟中,想增大输出的拉力与时间文件中的时间间隔的问题该怎么解决

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楼主
各位大神请问一下,做完拉伸模拟之后,输出的拉力与时间文件(pullf.xvg)文件里的时间是每隔0.1秒输出一个力,,我现在想让这个数据变成每隔1秒输出一个力,对于pull.mdp文件该改哪个参数呢,我的pull.mdp文件和拉力与时间文件放在了附件里,谢谢大家

pullf.xvg

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pull.mdp

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发表于 Post on 2021-6-1 03:36:26 | 只看该作者 Only view this author
模拟总时间尺度都达不到0.1秒,怎么可能每隔0.1秒输出一次
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-1 09:45:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-1 03:36
模拟总时间尺度都达不到0.1秒,怎么可能每隔0.1秒输出一次

不好意思老师,看错了,文件里是每隔0.1Ps对应一个力,我现在想让输出的文件每隔1ps对应一个力应该改哪个参数呢,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-6-1 10:45:30 | 只看该作者 Only view this author
自行用awk,每10行输出一次就完了。awk的用法google
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发表于 Post on 2021-6-1 11:38:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lyj714 于 2021-6-1 11:40 编辑

pull-nstxout
pull-nstfout
分别控制距离和力的输出频率

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发表于 Post on 2022-3-23 15:02:49 | 只看该作者 Only view this author
老哥,你是对小蛋白进行拉伸的吗

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