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[GROMACS] F-、Br-、I-、IO3-离子能否用acpype.py生成力场参数呢

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请问老师,F-、Br-、I-、IO3-离子能否总acpype.py生成力场参数呢。GAFF力场模拟1M的电解质(1M阳离子,1M阴离子)应该没问题吧。

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发表于 Post on 2021-6-2 05:49:19 | 只看该作者 Only view this author
IO3-这种成键方式特殊的无机体系用GAFF无法描述
专门模拟较高浓度的其它几种离子溶液,最好用KBFF的里的参数

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-2 07:06:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-2 05:49
IO3-这种成键方式特殊的无机体系用GAFF无法描述
专门模拟较高浓度的其它几种离子溶液,最好用KBFF的里的参 ...

谢谢老师那F-、CL-、Br-这些离子可以用acpype.py生成吗。我看有一个帖子说2M以上才用高浓度专门的力场。

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发表于 Post on 2021-6-2 07:12:24 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-6-2 07:06
谢谢老师那F-、CL-、Br-这些离子可以用acpype.py生成吗。我看有一个帖子说2M以上才用高浓度专门的力场。



高浓度是必须用专门的力场,要不然定性都严重错误;而即便浓度不低的情况,用不是很合适的力场结果也不好,到时候容易挨审稿人批。AMBER等普通生物分子力场里虽然有离子的参数,但主要目的只不过是表现离子的环境,拿来专门模拟离子的溶液别指望能得到多好的结果。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-2 07:25:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-2 07:12


高浓度是必须用专门的力场,要不然定性都严重错误;而即便浓度不低的情况,用不是很合适的力场结果 ...

但是我的体系中有Ni离子,不知道KBFF力场能用Merz的参数吗。或者KBFF有什么其他方式就Ni离子

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发表于 Post on 2021-6-3 06:57:27 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-6-2 07:25
但是我的体系中有Ni离子,不知道KBFF力场能用Merz的参数吗。或者KBFF有什么其他方式就Ni离子

都用Merz参数不就完了
J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 1645−1657里都有阴离子参数
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sobereva 发表于 2021-6-2 05:49
IO3-这种成键方式特殊的无机体系用GAFF无法描述
专门模拟较高浓度的其它几种离子溶液,最好用KBFF的里的参 ...

请教Sob老师,IO3-的成键方式特殊是指?能否用GAFF力场描述碘氧化物嘛,如I2O4。

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devilove 发表于 2023-6-17 15:23
请教Sob老师,IO3-的成键方式特殊是指?能否用GAFF力场描述碘氧化物嘛,如I2O4。

有机体系里会出现的I形成单键的情况才能用GAFF
其它成键的情况都需要用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生基于专一性参数的拓扑文件
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发表于 Post on 2023-6-17 16:23:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-17 16:00
有机体系里会出现的I形成单键的情况才能用GAFF
其它成键的情况都需要用sobtop(http://sobereva.com/sof ...

非常感谢Sob老师的指导,目前是用您开发的Sobtop程序去处理碘氧化物的。在执行选项 3:‘Assign GAFF atom types as much as possible’后,进而采用mSeminario方法计算力常数,同时原子电荷采用您在课程中建议的RESP电荷。如此生成的I2O4力场文件是否可用,可信?期待您权威的回复,不然心里没底。

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发表于 Post on 2023-6-17 17:00:54 | 只看该作者 Only view this author
devilove 发表于 2023-6-17 16:23
非常感谢Sob老师的指导,目前是用您开发的Sobtop程序去处理碘氧化物的。在执行选项 3:‘Assign GAFF ato ...

可以
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发表于 Post on 2023-6-17 17:30:57 | 只看该作者 Only view this author
sun666 发表于 2021-6-2 00:25
但是我的体系中有Ni离子,不知道KBFF力场能用Merz的参数吗。或者KBFF有什么其他方式就Ni离子

有Ni2+的话,需要注意Br-和I-会不会和Ni2+配位,如果会的话,不能把Ni2+当作自由离子来模拟
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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