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[综合交流] 求助 GMX mdrun怎么调用双路的cpu呢?

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先前在参考sob老师配置推荐的博文下,组装了一台双路2696v4的机器,由于现在显卡价格还是不太满意,所以暂用亮机卡点亮。机器本来想装双系统,不过现在就装了win10(打算等到显卡就位再折腾)。在做虚拟筛选的时候2个cpu利用率是100%,但是在做溶液蛋白质动力学模拟,gmx mdrun的时候,有一个cpu貌似处于闲置了,网上查了一下也是云里雾里,想请教下各位老师需要如何设置能完全利用到2个cpu呢?谢谢老师! ps gmx 版本:
GROMACS version:    2018.8
Precision:          single
Memory model:       64 bit
MPI library:        thread_mpi
OpenMP support:     enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 64)

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发表于 Post on 2021-6-27 20:25:36 | 只看该作者 Only view this author
正常情况默认就会利用所有CPU逻辑核心

如果你确信并非所有物理核心都被利用了,mdrun明确加上-ntmpi 44 -pin on再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-27 21:22:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-27 20:25
正常情况默认就会利用所有CPU逻辑核心

如果你确信并非所有物理核心都被利用了,mdrun明确加上-ntmpi 44  ...

谢谢老师解答,刚才试了一下还是不行:( 我猜测是因为只能用一个节点所以另一个cpu就闲置了嘛,老师我是小白并行这些实在不懂

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发表于 Post on 2021-6-28 06:58:24 | 只看该作者 Only view this author
5撇到3撇 发表于 2021-6-27 21:22
谢谢老师解答,刚才试了一下还是不行:( 我猜测是因为只能用一个节点所以另一个cpu就闲置了嘛,老师我是小 ...

搞清楚什么叫节点
一台机子是一台节点
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-28 11:13:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-28 06:58
搞清楚什么叫节点
一台机子是一台节点

好的 谢谢老师我再研究研究

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