求助分子叠合后的结果保存

Freshfish · 发表于 Post on 2021-6-29 22:46:33

各位老师，
我想以PDB数据库中的结果为模板进行ProteinA和ProteinB的分子叠合。因为序列相似度非常高，所以Align和Super的结果都差不太多，RMSD≈2。
图1：我根据蛋白结构进行分子叠合后，蛋白A和B独立展示于Pymol的情况。

问题出现在我想把两个文件写入一个单独的文件（像PDB数据库中的参考模板那样），我用的create命令，具体就是create Protein_complex, ProteinA ProteinB.
结果出现如图2所示情况。

我个人猜测应该是两个文件的坐标系不一致造成的，但是我折腾了好长时间，也没找到相应的解决方法，不知道各位老师可否提供一个可行的途径？？

备注：我想用这个叠合后的文件进行Amber的MM-GBSA分析，ProteinA和B是否必须合成一个单独文件？

谢谢各位老师。

Freshfish · 发表于 Post on 2021-6-29 22:50:46

我在编程方面比较弱鸡，看到了https://pymolwiki.org/index.php/Modeling_and_Editing_Structures网页中的第一个，但是我不知道这个是否可以对应我的问题。我尝试了
“save transfromed obj1 obj1.pdb",也提示”wrote......",我重试了create命令，结果依然是如图2所示。生无可恋中。。。求各位老师救我啊

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-29 23:07:41

在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290（http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html）

按此文叠合，然后把两个体系都保存成结构文件，手动编辑进行合并就完了

Freshfish · 发表于 Post on 2021-6-30 11:01:43

sobereva 发表于 2021-6-29 23:07
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的差异以及叠合两个结构
http://sobereva.com/290（http://bbs.keinsci.com ...

多谢老师的点拨。经过尝试，文件保存成功。

方法如下：我用写字板打开导出的蛋白文件；ProteinA有三条链，分别是A\B\C，于是我用“查找替换”功能将单链的ProteinB的链信息由"_A_"替换为“_D_”，之后将替换后的内容复制插入到ProteinA文件的C链文本信息之后，另存pdb文件。以VMD和Pymol打开，都显示了我想要的结构。

请问上述做法是否有所不妥？是否会影响后续AMBER中蛋白A和B的MM-PBSA计算？

我仔细看了一下pymol和VMD倒出的pdb文件，发现pymol导出的文件，每个原子有两个坐标信息，分别以ATOM和ANISOU为第一列名称，而VMD导出的文件没有。是否是因为这个造成我的问题呢？

再次感谢。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-1 02:39:14

Freshfish 发表于 2021-6-30 11:01
多谢老师的点拨。经过尝试，文件保存成功。

方法如下：我用写字板打开导出的蛋白文件；ProteinA有三条 ...

没有不妥
跟ANISOU没关系，这是多余的

Freshfish · 发表于 Post on 2021-7-1 11:18:13

sobereva 发表于 2021-7-1 02:39
没有不妥
跟ANISOU没关系，这是多余的

多谢老师，祝事业顺利：）

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[综合交流] 求助分子叠合后的结果保存

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